在商业秘密权利人存在多个来源的情况下，商业秘密犯罪的认定需综合考虑多个方面，以下是对此问题的详细分析：

1. 商业秘密的界定与权利人范围：

   • 商业秘密，根据《刑法》第二百一十九条的规定，是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。这些信息具有秘密性、价值性、实用性和保密性的特点。
   • 权利人不仅指商业秘密的所有人，还包括经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。在存在多个权利人的情况下，如共同所有或分别许可使用，需明确各权利人的权益范围及保密义务。

2. 侵犯商业秘密的行为模式：

   • 无论商业秘密存在多少个权利人，侵犯商业秘密的行为模式主要包括：以不正当手段获取、披露、使用或允许他人使用商业秘密；违反保密义务或权利人要求披露、使用或允许他人使用商业秘密；以及明知或应知上述行为而获取、使用或披露商业秘密。
   • 在存在多个权利人的情况下，若行为人侵犯了其中任一权利人的商业秘密，且该行为符合上述模式之一，即可能构成侵犯商业秘密罪。

3. 权利人损失的计算与认定：

   • 在存在多个权利人的情况下，计算权利人损失时需考虑各权利人因侵权行为所遭受的实际损失。这可能包括直接经济损失（如销售额减少、研发成本增加等）和间接经济损失（如商誉损害、市场份额下降等）。
   • 若多个权利人因同一侵权行为遭受损失，且损失难以分割，可综合考虑各权利人的权益比例、贡献度等因素，合理确定各自应得的赔偿份额。同时，根据相关司法解释，给商业秘密权利人造成的损失数额达到一定标准（如三十万元或五十万元以上），或致使权利人破产、造成其他严重后果的，应当追究刑事责任。

4. 主观故意的认定：

   • 在存在多个权利人的情况下，认定行为人是否具有主观故意时，需考察其是否明知或应知所侵犯的商业秘密属于多个权利人共有或分别许可使用，以及是否明知或应知自己的行为会侵犯这些权利人的商业秘密。
   • 若行为人出于故意实施了侵犯商业秘密的行为，且该行为给权利人造成了重大损失，即应追究其刑事责任。

5. 特殊情形下的认定：

   • 若行为人通过不正当手段获取了商业秘密，但并不知道该商业秘密存在多个权利人，且其使用行为并未给所有权利人造成重大损失，此时可能不构成侵犯商业秘密罪。但若其后续行为（如披露、允许他人使用等）导致了权利人损失的扩大，则可能构成犯罪。
   • 若多个权利人之间存在争议或纠纷，且该争议或纠纷与侵犯商业秘密行为无直接关联，则不影响对侵犯商业秘密罪的认定。但需注意，在处理此类案件时，应充分考虑权利人之间的争议或纠纷对侵权行为认定及损失计算的影响。

综合分析： 在商业秘密权利人存在多个来源的情况下，认定商业秘密犯罪需综合考虑商业秘密的界定与权利人范围、侵犯商业秘密的行为模式、权利人损失的计算与认定、主观故意的认定以及特殊情形下的认定等多个方面。只有全面、准确地理解和应用相关法律知识，才能确保对侵犯商业秘密罪的认定和处理既符合法律法规，又能够有效维护市场秩序和商业秘密权利人的合法权益。

建议：

• 对于商业秘密权利人而言，应加强保密措施，明确各权利人的权益范围及保密义务，以降低被侵权的风险。
• 对于涉嫌侵犯商业秘密的行为人而言，应充分了解相关法律法规及司法解释，避免实施侵犯商业秘密的行为。
• 在发生商业秘密侵权纠纷时，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。

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