关于三轮车合格证补办是否收费以及收费是否违法的问题，这主要取决于具体的补办流程和当地的相关规定。
首先，从一般原则来说，合格证的补办本身通常不应成为收费的项目，因为合格证是车辆生产或销售时随车附带的证明文件，其补办更多是基于车主因遗失或损坏等合理原因而需要的服务。然而，在实际操作中，一些销售门店或服务机构可能会因为提供补办服务而产生一定的成本（如人工、材料等），因此可能会收取一定的费用。
接下来，我们需要明确的是，是否收费以及收费的标准并非由单一因素决定，而是受到多种因素的影响，包括但不限于：
当地政策规定：不同地区对于电动车（包括三轮车）的管理政策可能有所不同，一些地区可能明确规定了合格证补办的费用标准或禁止收费。
销售门店或服务机构的政策：即使当地政策没有明确规定，不同的销售门店或服务机构也可能根据自己的成本情况和市场策略来制定收费标准。
补办流程的复杂程度：如果补办合格证需要经过复杂的流程或涉及多个部门，那么可能会增加补办的成本，从而影响收费情况。
为了获取最准确的信息，我建议您：
咨询当地的车管所或交通管理部门：他们可以提供关于三轮车合格证补办的具体政策和流程，以及是否收费和收费标准的信息。
联系原购车门店或品牌销售店：他们可以告知您补办合格证的具体流程和可能产生的费用。
如果当地政策或销售门店明确规定了合格证补办的费用，并且这一费用是合理且透明的，那么收费并不违法。然而，如果您认为收费不合理或存在乱收费的情况，您可以向当地的市场监管部门或消费者协会进行投诉和举报。
总的来说，三轮车合格证补办是否收费以及收费是否违法，需要结合当地的具体政策和实际情况来判断。希望这些信息能对您有所帮助。