已经立案的交通事故案件，双方仍可协商解决，但需注意协商的合法性、程序性及对诉讼的影响。以下是具体分析：

1. 协商的合法性基础
   根据《道路交通安全法》第七十四条，交通事故损害赔偿争议，当事人可请求公安机关交通管理部门调解，也可直接向法院提起民事诉讼。立案后协商属于当事人意思自治范畴，不违反法律强制性规定，但需确保协商内容不损害公共利益或第三方权益（如保险公司追偿权）。

2. 协商的关键程序要点

   • 诉讼中止申请：若双方达成初步协商意向，可向法院提交《中止诉讼申请书》，说明协商进展及预计时间，避免法院径行判决。
     
   • 调解协议效力：若协商成功，需签订书面《调解协议书》，并可申请法院出具《民事调解书》（具有强制执行力），或通过司法确认程序赋予协议强制力。
     
   • 撤诉限制：若原告欲撤诉后协商，需在宣判前提交撤诉申请，但需注意撤诉后再次起诉可能面临重复诉讼风险。

3. 协商内容的核心条款

   • 责任划分：需与事故认定书责任比例一致，若协商变更责任比例，需保险公司书面同意（否则可能拒赔）。
     
   • 赔偿项目：明确医疗费、误工费、护理费等法定项目，避免遗漏或重复计算。
     
   • 履行方式：约定分期付款的，需设置违约条款（如逾期利息、违约金）；涉及保险理赔的，需保险公司参与协商。
     
   • 争议解决：约定协商不成时的解决方式（如仲裁或诉讼），避免后续程序冲突。

4. 协商失败后的应对
   若协商破裂，需及时向法院提交证据材料（如协商记录、对方违约证据等），并申请恢复诉讼程序。注意诉讼时效中断问题：协商行为可能导致诉讼时效重新计算，但需保留书面协商记录作为证据。

实务建议：

• 协商前建议委托律师审核协议条款，避免权利义务失衡；
  
• 涉及保险理赔的，务必通知保险公司参与协商；
  
• 协商过程中注意固定证据（如录音、聊天记录），防止对方反悔。
  

如有具体案件细节（如责任认定、伤情等级等），可进一步向我说明，我将结合个案提供针对性方案。