过了三年诉讼时效的债务和过了二十年保护期的债务虽然都被称为自然债务，但它们在法律性质、法律后果以及具体适用上存在显著区别。以下是对这两者的详细比较：
一、法律性质
三年诉讼时效的债务：
- 定义：诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。在我国，一般的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 性质：过了三年诉讼时效的债务，债权人仍然享有债权，但丧失了胜诉权。即如果债务人提出诉讼时效抗辩，法院将不再支持债权人的诉讼请求。
二十年保护期的债务：
- 定义：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这二十年是最长权利保护期间，也称为绝对时效期间。
- 性质：过了二十年保护期的债务，债权人不仅丧失了胜诉权，而且其债权在法律上也不再受到保护。这意味着，即使债务人自愿履行债务，债权人接受履行后也可能面临法律上的风险（如债务人反悔并主张返还）。
二、法律后果
三年诉讼时效的债务：
- 债权人：仍然可以起诉债务人，但如果债务人提出诉讼时效抗辩，法院将驳回债权人的诉讼请求。
- 债务人：可以自愿履行债务，且履行后不得以不知时效期间届满或者对方放弃时效利益为由而主张返还。
二十年保护期的债务：
- 债权人：起诉债务人时，法院将直接不予保护，即债权人无法通过法律途径追讨债务。
- 债务人：即使自愿履行债务，也可能面临法律上的风险，因为债权人的债权已经不再受到法律保护。
三、具体适用
三年诉讼时效的债务：
- 适用范围：适用于大多数民事权利的保护，如合同债权、侵权债权等。
- 中断与中止：诉讼时效期间可以因法定事由而中断或中止，从而延长诉讼时效期间。
二十年保护期的债务：
- 适用范围：作为最长权利保护期间，适用于所有民事权利的保护。
- 不可中断与中止：二十年保护期是固定的，不受任何法定事由的影响而中断或中止。
举例说明
假设甲在2000年1月1日借给乙1万元，约定还款期限为2001年1月1日。
- 如果甲在2004年1月1日之后才起诉乙：此时已经过了三年的诉讼时效期间，如果乙提出诉讼时效抗辩，法院将驳回甲的诉讼请求。但乙如果自愿还款，甲可以接受且无需返还。
- 如果甲在2020年1月1日之后才起诉乙：此时已经过了二十年的最长权利保护期间，法院将直接不予保护甲的债权。即使乙自愿还款，甲也可能面临法律上的风险。
总结来看，过了三年诉讼时效的债务和过了二十年保护期的债务在法律性质、法律后果以及具体适用上存在显著区别。因此，债权人在追讨债务时，应当密切关注诉讼时效和最长权利保护期间的规定，以免丧失法律保护。如果您在债权债务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。