结论：宠物食品从旗舰店进货卖是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
合法进货与销售：
- 如果旗舰店是宠物食品的合法经销商或生产商，且你从旗舰店进货时，旗舰店提供了完整的进货凭证（如发票、进货单等），同时你销售的宠物食品符合国家相关质量标准，那么你的销售行为是合法的。
- 在这种情况下，你作为销售者，已经尽到了合理的审查义务，即确保所售商品来源合法、质量合格。
可能存在的违法情形：
- 假冒伪劣产品：如果你从旗舰店进货的宠物食品是假冒伪劣产品，或者旗舰店本身并非合法经销商，那么你销售这些产品的行为就可能构成违法。根据《中华人民共和国产品质量法》等相关法律法规，销售假冒伪劣产品是违法的，可能会面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等处罚。
- 侵犯知识产权：如果宠物食品涉及商标、专利等知识产权，而你未经授权销售这些产品，就可能构成侵犯知识产权的行为。根据《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国专利法》等相关法律法规，侵犯知识产权是违法的，可能会面临赔偿损失、停止侵权行为等法律责任。
- 未取得相关许可：如果销售宠物食品需要取得特定的行政许可（如食品经营许可证等），而你未取得相关许可就进行销售，那么你的行为也是违法的。根据相关法律法规，未取得许可从事特定经营活动可能会面临罚款、没收违法所得等处罚。
法律建议：
- 在进货前，务必对旗舰店的资质和信誉进行审查，确保其是合法经销商或生产商。
- 要求旗舰店提供完整的进货凭证和质量保证文件，以便在销售过程中证明商品的合法来源和质量合格。
- 如果销售宠物食品需要取得特定行政许可，务必在销售前办理好相关手续。
- 在销售过程中，遵守国家相关法律法规和行业标准，确保所售商品的质量和安全。
可能法律后果：
- 如果你的销售行为被认定为违法，可能会面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚。
- 如果你的行为构成犯罪（如销售假冒注册商标的商品罪等），还可能会面临刑事处罚。
进一步思考：
- 在实际经营过程中，除了遵守国家相关法律法规外，还应注重保护消费者权益，如提供真实的商品信息、保障商品质量等。
- 如果遇到法律纠纷或疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。