结论：女儿与父亲不是亲生关系，且父亲坐过牢，一般情况下不会影响第三代。但需注意，若存在特定法律关系或特殊情况，可能产生间接影响。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的影响分析
法律上的非亲生关系：
- 若女儿与父亲在法律上不存在亲子关系（如养父女关系、继父女关系等），且父亲未通过合法程序收养女儿或未形成法律上的继父女关系，那么父亲的犯罪记录通常不会直接影响到女儿及其后代。
- 在法律上，非亲生关系意味着双方不承担基于血缘关系的法律义务和责任，因此父亲的犯罪记录不会因血缘关系而波及到女儿及其后代。
犯罪记录的影响范围：
- 犯罪记录主要影响的是犯罪者本人及其直系血亲（如配偶、父母、子女）在某些特定场合下的资格或权益，如公务员录用、政审、某些职业的从业资格等。
- 对于非直系血亲或不存在法律上的特定关系的人，犯罪记录通常不会产生直接影响。
二、特殊情况下的影响分析
存在法律上的特定关系：
- 如果女儿与父亲之间存在法律上的收养关系或继父女关系，且这种关系在法律上被认可，那么在某些特定情况下（如政审、某些职业的从业资格审查等），父亲的犯罪记录可能会对女儿产生一定影响。
- 但这种影响通常局限于女儿本人，且需要满足特定的法律条件和程序要求，不太可能直接波及到第三代。
社会评价与心理影响：
- 尽管法律上可能不存在直接影响，但父亲的犯罪记录可能会在社会评价上对女儿及其家庭产生一定影响，如邻里关系、社交圈子等。
- 这种影响可能是间接的，且因人而异，但不太可能直接对第三代产生法律上的不利后果。
三、建议与注意事项
了解法律关系：
- 女儿应明确自己与父亲之间的法律关系，以确定是否存在可能因父亲的犯罪记录而受到影响的情况。
关注特定场合的要求：
- 如果女儿或其后代计划从事某些特定职业或参与某些特定活动（如公务员录用、政审等），应提前了解相关要求，并评估父亲的犯罪记录是否可能产生影响。
寻求法律帮助：
- 如果女儿或其后代因父亲的犯罪记录而面临法律上的困扰或不利后果，建议及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。
总结：女儿与父亲不是亲生关系且父亲坐过牢，在一般情况下不会影响第三代。但需注意特定法律关系或特殊情况下的间接影响，并提前了解相关要求以做好应对准备。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。