银行职员侵吞个人存款属于严重的违法犯罪行为，应当立即采取法律手段追责并挽回损失，具体处理方式如下：

1. 刑事报案与立案
   根据《刑法》第271条（职务侵占罪）或第382条（贪污罪，若职员为国家工作人员），侵吞100万元已达“数额巨大”标准，可能面临3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金。

   • 操作步骤：立即向公安机关经侦部门报案，提交存款凭证、银行流水、职员身份信息等证据，要求立案侦查。
     
   • 关键点：若职员利用职务便利转移资金，银行可能因管理过失承担连带责任（需结合具体情节判断）。

2. 民事诉讼追偿
   若刑事追责后损失未完全弥补，可单独提起民事诉讼，要求银行或职员赔偿剩余损失。

   • 法律依据：根据《民法典》第1165条（过错责任原则），若银行存在安全保障漏洞（如系统漏洞、监管失职），需承担相应赔偿责任。
     
   • 操作建议：同步冻结职员名下资产（如房产、车辆），防止转移财产。

3. 向银保监会投诉
   若银行存在违规操作（如未履行客户资金安全保障义务），可向银保监会举报，要求对银行进行行政处罚并督促整改。

   • 效果：可能推动银行主动协商赔偿，加速问题解决。

4. 证据固定与风险防范

   • 关键证据：保存存款合同、交易记录、报警回执、与银行沟通记录等。
     
   • 风险提示：避免与职员私下协商，防止被认定为“自愿处分财产”；及时修改银行账户密码，防止二次侵害。

后续建议：

• 若涉及复杂法律程序（如银行责任认定、刑事附带民事诉讼），建议委托律师介入，提高维权效率。
  
• 定期查询个人征信，防止职员利用身份信息伪造贷款等衍生风险。
  

如有进一步细节需要分析（如职员作案手段、银行过错程度等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供针对性方案。