公司与自然人签订的协议书，从法律效力的角度，并非必须盖章，但签字是必要条件；若公司选择盖章，则能进一步增强协议的证明力和执行力。具体分析如下：

1. 签字是协议生效的基本条件
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。因此，自然人签字是协议生效的核心要件，公司一方若由法定代表人或授权代表签字，同样具有法律效力。

2. 公司盖章的作用与例外

   • 增强证明力：公司公章是法人权利的象征，盖章可证明协议是公司真实意思表示，尤其在涉及重大权益时，盖章能降低纠纷风险。
     
   • 例外情形：若公司未盖章，但法定代表人签字且履行了协议主要义务（如付款、交货），对方接受的，协议仍成立（《民法典》第四百九十条第二款）。此外，若协议明确约定“签字或盖章后生效”，则未盖章可能影响生效，但此类条款需双方明确约定。

3. 实务建议

   • 优先签字+盖章：为避免争议，建议公司一方由法定代表人签字并加盖公章，自然人签字并按手印（尤其涉及大额交易或长期合作时）。
     
   • 留存授权文件：若签字人非法定代表人，需附授权委托书，证明其有权代表公司签约。
     
   • 协议条款明确：在协议中写明“本协议自双方签字（或盖章）之日起生效”，避免因表述模糊引发纠纷。

总结：协议书的核心生效要件是双方签字，公司盖章非强制但推荐；若未盖章，需通过其他方式（如法定代表人签字、履行行为）证明公司意愿。如有具体协议内容或场景需进一步分析，可随时向我咨询。