关于棋牌室办了营业执照为何仍涉及违法所得的问题，结论前置如下：
营业执照的合法性不等于经营行为的合法性：
- 营业执照是棋牌室合法经营的准入凭证，但它仅证明该实体已依法注册登记，具备从事营利性经营活动的资格。然而，这并不意味着所有以该营业执照名义进行的经营活动都必然合法。如果棋牌室在经营过程中存在违法活动（如赌博、超范围经营等），即便持有营业执照，其所得仍可能被认定为违法所得。
违法所得的认定依据：
- 违法所得通常指的是通过违法手段获得的收入或利益。在棋牌室的情境中，如果经营者利用棋牌室作为掩护，组织或参与赌博活动，并从中抽头渔利，那么这部分收入就构成了违法所得。此外，如果棋牌室未经许可擅自提供其他需特殊许可的服务（如食品销售、烟草零售等），由此产生的收入也可能被视为违法所得。
详细分析：
营业执照的作用与限制：
- 营业执照是市场主体合法经营的“身份证”，它证明了棋牌室等经营实体已按照法律规定完成了注册登记手续。但营业执照的颁发并不意味着对经营实体所有经营行为的全面认可。经营实体仍需遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性。
违法所得的构成要件：
- 违法所得的构成通常需要满足两个要件：一是行为具有违法性；二是行为人通过该违法行为获得了利益。在棋牌室的案例中，如果经营者组织或参与赌博活动，并从中获利，那么这部分利益就同时满足了上述两个要件，因此构成违法所得。
法律后果与处罚：
- 如果棋牌室被认定存在违法所得，将可能面临一系列的法律后果和处罚。这包括但不限于没收违法所得、罚款、吊销营业执照等。在情节严重的情况下，经营者还可能面临刑事责任的追究。
法律建议：
合规经营：
- 棋牌室经营者应严格遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性。这包括但不限于遵守营业执照上的经营范围、不组织或参与赌博活动、不超范围经营等。
加强内部管理：
- 棋牌室应建立健全内部管理制度，加强对员工和顾客的监管。通过培训、宣传等方式提高员工的法律意识，防止员工参与或协助违法活动。同时，对顾客的行为也应进行必要的监督和管理，确保棋牌室内不发生违法活动。
及时咨询法律专业人士：
- 如果棋牌室经营者对经营活动的合法性存在疑问或担忧，应及时咨询法律专业人士的意见。法律专业人士可以根据具体情况提供针对性的法律建议和指导，帮助经营者规避法律风险。
总结与进一步思考：
棋牌室办了营业执照并不意味着其所有经营活动都必然合法。经营者仍需遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性。如果棋牌室在经营过程中存在违法活动并产生违法所得，将可能面临严重的法律后果和处罚。因此，棋牌室经营者应高度重视合规经营问题，加强内部管理，及时咨询法律专业人士的意见，以确保经营活动的安全性和稳定性。如果您在棋牌室经营过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。