核心结论：专业分包签订合同未报安全文明施工费，结算方式需根据合同约定、实际履行情况以及相关法律法规综合判断，可能存在以下几种情况：

1. 合同有明确约定
   若合同中明确约定了安全文明施工费的计算方式、支付条件及未申报的后果（如视为放弃、按固定比例扣除等），则应严格按照合同条款执行。例如：

   • 合同约定“分包人未在规定时间内申报安全文明施工费，视为放弃该费用”，则发包人有权不予支付；
     
   • 合同约定“费用按实际发生额结算，但需分包人提供合规票据”，若分包人未申报且未提供票据，发包人可暂扣或拒付。
     法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。

2. 合同未明确约定，但实际发生费用
   若合同未提及安全文明施工费，但分包人实际投入了相关费用（如现场防护、文明施工措施等），可主张按实际成本结算，但需满足以下条件：

   • 证据充分：分包人需提供费用支出凭证（如采购发票、人工记录、现场照片等），证明费用与工程直接相关；
     
   • 发包人认可：若发包人未在施工过程中提出异议，或已实际接受分包人完成的安全文明施工成果，可能被推定为默认同意支付；
     
   • 行业惯例：若当地建设行政主管部门或行业协会对安全文明施工费有强制性标准或计价规则，可参照执行。
     风险提示：若分包人无法举证，可能面临费用不被认可的风险。

3. 合同无效或被撤销
   若合同因违反法律强制性规定（如未取得施工许可证、分包人无资质等）被认定无效，安全文明施工费的结算需根据《民法典》第157条处理：

   • 折价补偿：发包人需按分包人实际投入的合理成本（包括安全文明施工费用）予以补偿；
     
   • 过错分担：若一方对合同无效存在过错（如发包人明知分包人无资质仍签约），可能需承担部分损失。
     

4. 行政监管介入
   根据《建设工程安全生产管理条例》及地方性法规，安全文明施工费通常属于不可竞争费用，需由发包人按标准计取并专项支付。若分包人未申报导致费用未落实，可能面临：

   • 行政处罚：建设主管部门可责令整改，并处罚款；
     
   • 费用追缴：发包人可能被要求补缴费用，并从分包人工程款中扣除。
     

建议行动：

1. 核查合同条款：优先以书面约定为准，明确费用性质及支付条件；
   
2. 收集证据：整理费用支出凭证、施工记录、沟通函件等，证明实际投入；
   
3. 协商或调解：与发包人沟通，争取按实际成本或行业标准结算；
   
4. 法律途径：若协商无果，可向法院或仲裁机构起诉，主张费用及利息。
   

注意事项：安全文明施工费具有强制性，即使合同未约定，分包人仍有权主张合理费用，但需避免因未申报导致举证困难。具体操作需结合项目所在地政策及合同实际履行情况综合判断。