判决双方互相支付款项时，确实可以仅支付差额，但这一做法并非绝对，而是取决于具体的判决内容、双方约定以及法律规定。以下从几个角度详细分析：

1. 判决内容的明确性：

   • 如果法院在判决中明确指出了双方应支付的金额，并且特别指出可以仅支付差额，那么双方自然应当按照这一指示执行。这种情况下，支付差额是符合判决要求的。
   • 如果判决中只是分别列出了双方应支付的金额，而没有明确说明是否可以支付差额，那么理论上双方应各自全额支付。但在实际操作中，如果双方能够达成一致，也可以协商仅支付差额，这通常不会违反法律原则，但最好能得到法院的确认或记录在案，以避免后续纠纷。

2. 双方约定：

   • 双方在诉讼前或诉讼过程中，如果已经就支付差额达成了协议，并且这一协议不违反法律法规的强制性规定，也不损害第三方的合法权益，那么这一协议是有效的。双方应当按照协议履行，即仅支付差额。
   • 如果双方没有达成这样的协议，但在判决后愿意协商并达成支付差额的共识，这也是可以的。但同样，最好能将这一共识以书面形式记录下来，或者通过法院进行确认。

3. 法律规定与原则：

   • 在法律上，并没有明确规定判决双方互相支付款项时必须全额支付还是可以支付差额。这主要取决于判决的具体内容和双方的约定。
   • 从法律原则的角度来看，支付差额的做法如果能够减少不必要的资金流转、降低交易成本，并且不损害任何一方的合法权益，那么这种做法是值得鼓励的。

4. 实际操作中的建议：

   • 如果双方希望仅支付差额，最好在判决前或判决后尽快与对方协商，并达成书面协议。
   • 如果协商不成，或者对判决内容有疑问，可以及时向法院咨询或申请解释、补充判决等。
   • 在任何情况下，都应当确保支付行为符合法律法规的规定，避免因为支付方式不当而引发新的纠纷。

举例说明：假设A法院判决甲应向乙支付10万元，同时乙应向甲支付8万元。如果判决中明确指出可以支付差额，那么甲只需向乙支付2万元即可。如果判决中没有明确说明，但双方协商一致愿意支付差额，那么也可以按照这一方式执行。但如果双方无法达成一致，或者判决中明确要求全额支付，那么双方就应当各自全额履行支付义务。

总结来看，判决双方互相支付款项时是否可以仅支付差额，并没有一个固定的答案。它取决于判决内容、双方约定以及法律规定和原则。因此，在实际操作中，双方应当根据具体情况进行协商，并尽可能确保支付行为符合法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。