当您在红灯亮起时，遇到交警指挥您通行的情况，您应该按照以下步骤来处理：

一、当场处理

1. 优先服从交警指挥：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，当有交通警察在现场指挥时，车辆和行人必须按照交警的指挥通行。因此，在红灯亮起但交警示意您通行的情况下，您应放心地按照交警的指挥通过路口，这一行为不会被判定为闯红灯。

2. 确保行车安全：在服从交警指挥的同时，您仍需保持警觉，观察周围的交通状况，确保行车安全。特别是在路口等复杂交通环境中，要特别注意其他车辆和行人的动态。

二、事后处理

1. 留存证据：为了以防万一，您可以在条件允许且不影响交通秩序的前提下，通过拍照、录像等方式记录下当时的场景。这些证据包括交警的指挥动作、交通信号灯的状态以及周围的交通情况，它们将在后续可能遇到的任何问题中起到关键作用。

2. 若被误罚，及时申诉：

   • 申请行政复议：如果您因遵循交警指挥而在红灯时通行，却被交通管理部门错误地认定为交通违法行为并受到处罚，您可以在知道该具体行政行为之日起60日内，向作出处罚决定的上一级公安机关交通管理部门或者同级人民政府提出行政复议申请。在申请时，您需要提交相关证据材料，如现场照片、录像等，以证明自己是按照交警指挥通行的。
   • 提起行政诉讼：如果对行政复议结果不满意，或者直接选择不进行行政复议，您还可以在知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内，向人民法院提起行政诉讼。法院将对案件进行全面审查，并根据法律和事实作出公正判决。

3. 开具证明（如适用）：如果因为服从交警的现场指挥而被拍照记录了闯红灯的行为，您可以到事发地的交警大队开具证明，证实当时是按照交警的指挥通行。这样，您即可免于处罚。

总结：在遇到红灯但交警指挥让走的情况时，您应优先服从交警的指挥通行，并确保行车安全。若因此遭遇误罚，您可依据上述法律途径进行申诉，维护自己的合法权益。请放心，按照交警的指挥通行是合法的，不会受到处罚。