在甲指分包直接与甲方签订的合同中，合同资料上应盖的章主要取决于合同主体及合同性质，一般应盖合同双方即甲指分包方和甲方的公章或合同专用章。以下从不同角度进行详细分析：
合同主体角度：
- 合同是双方或多方之间设立、变更、终止民事关系的协议。在甲指分包与甲方签订的合同中，合同主体为甲指分包方和甲方。因此，合同资料上应体现这两个主体的真实意愿和合法身份，通常通过加盖公章或合同专用章来实现。
合同性质角度：
- 甲指分包与甲方签订的合同属于民事合同范畴，具有法律约束力。为了确保合同的合法性和有效性，合同资料上必须加盖具有法律效力的印章。公章或合同专用章是单位对外进行法律行为、签订合同等活动的常用印章，具有代表单位意志的法律效力。
实际操作角度：
- 在实际操作中，甲指分包方和甲方在签订合同时，应各自使用本单位的公章或合同专用章加盖在合同资料上。这不仅是合同形式上的要求，也是确保合同内容得到双方认可和执行的重要保障。
特殊情况考虑：
- 如果合同中有特别约定，如使用项目部章、分支机构章等，应确保这些印章在合同签订时具有相应的法律效力，并且得到了合同双方的明确认可。但一般情况下，为了降低法律风险，建议使用公章或合同专用章。
法律建议：
- 在签订合同时，甲指分包方和甲方应仔细审查合同内容，确保合同条款明确、合法、有效。
- 双方应各自使用本单位的公章或合同专用章加盖在合同资料上，以确保合同的合法性和有效性。
- 如果对合同印章的使用有疑问或不确定，建议咨询专业律师或法律机构，以降低法律风险。
可能的法律后果：
- 如果合同资料上未加盖具有法律效力的印章，可能导致合同无效或无法履行，给双方带来经济损失和法律纠纷。
- 如果使用非公章或合同专用章签订合同，且该印章未得到合同双方的明确认可，也可能导致合同无效或引发法律纠纷。
因此，在甲指分包直接与甲方签订的合同中，合同资料上应盖合同双方即甲指分包方和甲方的公章或合同专用章，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。