针对您提出的“档案姓名同音不同字涂改后加盖公章是否有效”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，档案中的姓名信息是非常关键的，它直接关系到档案的真实性和有效性。如果档案中的姓名存在同音不同字的情况，并且进行了涂改，那么这确实是一个需要谨慎处理的问题。

涂改后的处理原则：

1. 避免直接涂改：档案材料一旦形成，应尽量避免直接在档案上进行涂改。因为涂改可能会破坏档案的原始性和真实性，给后续的使用和管理带来麻烦。

2. 出具证明文件：如果确实需要对档案中的姓名进行更正，并且已经进行了涂改，那么应该由相关单位（如派出所、学校或原发证机关等）出具能够证明两个不同名字确系一人的证明文件。这个证明文件需要详细说明涂改的原因、过程以及两个名字之间的关系，并加盖相关单位的公章。

3. 加盖公章的重要性：在涂改后的档案上加盖公章，是为了证明涂改的合法性和真实性。公章是单位或组织权威性的象征，加盖公章可以确保涂改后的档案在法律上具有一定的效力。但是，仅仅加盖公章并不足以完全证明涂改的合法性，还需要配合出具相关的证明文件。

4. 公证处理：如果可能的话，建议对涂改后的档案进行公证处理。公证处会根据所掌握的证据出具公证书，证明两个名字确系一人或证明当事人的声明等。这样可以进一步增强档案的法律效力和可信度。

具体操作建议：

• 如果涂改的是个人姓名等关键信息，且发证机关仍然存在，建议先到原发证机关将错误的名字改正过来，然后再进行后续处理。
• 如果因时隔多年、发证机关已不存在等原因更正确有困难，可以向公证处提供由人事档案管理部门出具的能够证明两个不同名字确系一人的证明文件，并由当事人发表声明说明情况。公证处会根据所掌握的证据出具相应的公证书。
• 在涂改后的档案上加盖公章时，应确保公章的真实性和有效性。同时，应保留好相关的证明文件和公证书，以备后续使用和管理。

综上所述，档案姓名同音不同字涂改后加盖公章的有效性取决于是否配合出具了相关的证明文件以及是否进行了公证处理。为了确保档案的真实性和有效性，建议遵循上述原则和建议进行操作。