当检察院取保候审的12个月期限到期后，处理流程主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，并会根据案件的具体进展和司法机关的决定来执行。以下是对此问题的详细解答：
一、取保候审到期的法律后果
解除取保候审：
- 根据《刑事诉讼法》第七十九条，取保候审的最长期限为十二个月。若期限届满，且没有发生需要变更强制措施的情形（如被取保候审人违反规定或发现新的犯罪事实），司法机关应当依法解除取保候审措施。
- 解除后，被取保候审人将不再受相关限制，但若案件尚未终结，仍需配合后续的司法程序。
可能转为其他强制措施：
- 若在取保候审期间，被取保候审人出现违反规定的情形（如逃避侦查、干扰证人作证等），司法机关可依法没收保证金、对保证人罚款，并视情况将其变更为监视居住或逮捕等更严厉的强制措施。
- 若在取保候审期间发现新的犯罪事实或证据，也可能导致原取保候审措施被撤销，并采取更严厉的强制手段。
二、到期后的具体操作流程
司法机关主动处理：
- 公安机关或检察院需在期限届满前完成案件审查，并制作《解除取保候审决定书》送达被取保候审人及执行机关。
- 被取保候审人应签署确认书，以确认知晓解除事项并配合后续安排。
当事人申请解除：
- 若司法机关未及时解除取保候审，被取保候审人或其律师可向办案机关提交书面解除申请，附上身份证明及取保候审凭证等材料。
- 申请时应明确说明期限已届满且无继续羁押必要的事实依据。
保证金退还程序：
- 取保候审结束后，被取保候审人可凭《解除取保候审通知书》向指定银行办理保证金退还手续。
- 需提供身份证原件及复印件、保证金收据原件等材料，经审核无误后，银行将当场退还现金或转账至预留账户。
三、后续注意事项
案件进展跟踪：
- 解除取保候审并不意味着案件终结，被取保候审人仍需持续关注司法机关的通知，并配合补充侦查或出庭应诉等工作。
- 建议定期联系承办人员了解案件动态，避免因信息滞后而影响自身权益。
法律文书保管：
- 被取保候审人应妥善保存《解除取保候审决定书》《退还保证金通知书》等重要文件，这些文件将作为维权或申诉的依据。
- 法律文书具有证明效力，丢失可能影响后续司法程序的推进。
法律咨询建议：
- 若对案件走向存在疑问或需要进一步的法律帮助，被取保候审人应及时咨询专业律师以获取针对性指导。
- 律师可根据具体案情分析法律风险，并协助制定应对策略。
综上所述，当检察院取保候审的12个月期限到期后，被取保候审人应关注司法机关的通知，配合后续程序，并妥善保管相关法律文书。如有需要，可及时咨询专业律师以获取法律帮助。