投资合作协议中确实可以包含管理架构的约定，且这种约定在实际操作中非常常见且重要。以下从多个角度详细分析：
管理架构约定的合法性：
- 投资合作协议作为双方或多方之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，其内容只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，在协议中约定管理架构，如董事会、监事会、管理层的组成、职权、决策机制等，是完全合法的。
管理架构约定的必要性：
- 在投资合作中，各方往往希望明确各自在公司或项目中的管理地位和职责，以确保合作的顺利进行和目标的实现。通过约定管理架构，可以清晰地划分各方的管理权限，避免在合作过程中出现管理混乱或决策僵局的情况。
管理架构约定的具体内容：
- 管理架构的约定可以包括多个方面，如董事会的组成和职权、监事会的设置和监督职责、管理层的聘任和解聘、重大事项的决策机制等。这些约定应该具体、明确，以便在合作过程中能够准确执行。
- 例如，可以约定董事会由各方按出资比例或约定比例委派董事组成，董事会负责审议和批准公司的重大经营决策；可以约定管理层由董事会聘任，负责公司的日常经营管理等。
管理架构约定的法律后果：
- 一旦在投资合作协议中约定了管理架构，各方就应该按照约定履行各自的职责和义务。如果一方违反约定，可能会承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
- 同时，管理架构的约定也可能影响公司的治理结构和运营效率。因此，在约定管理架构时，应该充分考虑公司的实际情况和发展需求，确保约定的合理性和可行性。
实际操作中的建议：
- 在签订投资合作协议前，各方应该充分沟通，就管理架构的约定达成共识。可以聘请专业的法律顾问或律师参与谈判和起草协议，以确保约定的合法性和有效性。
- 在协议履行过程中，如果需要对管理架构进行调整或变更，应该及时协商并签订补充协议，以确保合作的顺利进行。
举例说明：假设A公司和B公司共同投资设立一家新公司C，双方在投资合作协议中约定：C公司的董事会由5名董事组成，其中A公司委派3名，B公司委派2名；董事会负责审议和批准C公司的年度经营计划和投资方案等重大事项；C公司的总经理由董事会聘任，负责C公司的日常经营管理。这样的约定就明确了C公司的管理架构和各方的管理权限。
综上所述，投资合作协议中可以且应该包含管理架构的约定，以确保合作的顺利进行和目标的实现。如果你在投资合作过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。