针对您遇到的“种了很多年的荒地突然有人拿出确权证说是他的”这一问题，这确实是一个涉及土地权属争议的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、法律框架与原则
土地权属争议解决原则：
- 根据相关法律法规，土地所有权和使用权争议应首先由当事人协商解决。
- 协商不成的，由人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
- 当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
不动产物权登记效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。
- 土地确权登记相当于不动产物权登记，一旦完成，在法律上确立了您对该土地的物权，具有对抗他人的效力。
二、具体应对措施
友好协商：
- 主动与对方沟通，带上您的权属证明，如老地契、承包合同、耕种记录等，心平气和地表明您的立场和希望更正登记的意愿。
- 尝试通过协商解决问题，避免矛盾升级。
行政调解与调查处理：
- 若协商无果，向村委会提交您掌握的所有证据，包括承包合同、历年缴费凭证、耕种记录等，正式书面申请召开村民（代表）大会审议权属问题。
- 如果涉及跨村争议，直接找乡镇政府土地管理所或农经站，申请行政调解和调查处理。
行政复议：
- 如果您认为政府部门的登记行为本身存在错误，如依据的材料有误、程序不合法，可以在知道权益受损后60天内，向作出该确权决定的县级人民政府或其自然资源（规划）部门申请行政复议，要求撤销发给对方的错误证书。
司法诉讼：
- 如果行政调解和复议均无法解决问题，您可以考虑向法院提起行政诉讼，针对政府错误的登记发证行为，请求法院判决撤销错误的确权证书。
- 或者，如果核心争议是“这块地到底该归谁用”，您可以直接向法院提起民事诉讼，请求法院判决确认您对土地的使用权，并判令对方立即返还土地、停止侵害。
三、关键证据收集
权属原始证明：
- 土地承包合同/经营权证、老地契（字据）、农业税/“三提五统”缴费凭证、当年分地的原始台账记录等。
历史使用证据：
- 长期耕种的清晰照片/视频、购买种子化肥农药农机具的发票、农产品销售的凭证、土地上的附着物（如果树、水井）证明等。
人证：
- 至少3名无利害关系村民的联名书面证明（按手印）、熟悉情况的老村干部/老党员的证词。
四、止损与补证
证书补办：
- 如果您的老证被扣或遗失，立即向发证机关（通常是县农业农村局）申请挂失并公告（15天）。公告期满无异议后，即可凭身份证、权属来源证明申请补发新证。
行为保全：
- 诉讼期间，如果发现对方企图破坏土地现状，如推平您的庄稼、砍掉您的果树，火速向法院申请“行为保全”。法院会下达裁定，明令禁止其破坏行为，保护土地现状直到判决生效。
综上所述，面对土地权属争议，您应保持冷静，依法维权。通过友好协商、行政调解、行政复议和司法诉讼等途径，逐步解决问题。同时，注意收集并保存好关键证据，以支持您的主张。希望这些建议能对您有所帮助。