结论：政府项目支出时，即使项目合同已经过集体决策，付款时是否需要再次集体决策，这主要取决于具体的项目管理制度、合同条款以及相关法律法规的规定。以下从几个角度进行详细分析：
项目管理制度的角度：
- 内部规定：许多政府机构或公共部门会有自己的项目管理制度，这些制度可能明确规定了项目付款的决策流程。如果制度中明确要求付款时需要再次进行集体决策，那么即使合同已经签订，付款时也必须遵循这一流程。
- 灵活性：另一方面，如果项目管理制度较为灵活，或者没有明确规定付款时的决策流程，那么可能就不需要再次进行集体决策。但这种情况下，通常会有其他形式的监督或审批机制来确保付款的合规性。
合同条款的角度：
- 付款条件：合同中可能会明确规定付款的条件和流程。如果合同中明确指出付款需要经过集体决策，那么无论项目管理制度如何规定，付款时都必须遵循合同条款。
- 变更与补充：如果合同中没有明确规定付款时的决策流程，但双方后续通过补充协议或变更合同的方式明确了这一点，那么同样需要遵循新的约定。
相关法律法规的角度：
- 财政法规：政府项目的支出通常受到严格的财政法规监管。这些法规可能规定了项目付款的审批流程、决策机制等。如果相关法规要求付款时需要集体决策，那么必须遵守。
- 反腐败与合规：从反腐败和合规的角度来看，集体决策机制有助于增加透明度、减少腐败风险。因此，即使合同和项目管理制度没有明确要求，从合规的角度出发，付款时进行集体决策也是一个值得考虑的选择。
建议：
- 查阅制度：首先，建议查阅相关的项目管理制度和合同条款，明确付款时的决策流程和要求。
- 咨询内部：如果制度或合同条款不明确，建议咨询项目管理部门或财务部门的意见，了解内部通常的做法和流程。
- 遵循法规：同时，也要确保付款流程符合相关法律法规的要求，避免合规风险。
- 灵活处理：在遵循制度和法规的前提下，根据项目的实际情况和需要，灵活处理付款时的决策流程，确保项目的顺利进行。
可能后果：
- 如果付款时未遵循必要的集体决策流程，可能会面临内部审批不通过、财务违规等风险。
- 在极端情况下，如果付款行为违反了相关法律法规，还可能面临法律责任和声誉损失。
因此，在处理政府项目支出时的付款决策问题时，务必谨慎对待，确保遵循所有相关的制度、合同和法规要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。