一般合作协议打四份，通常建议分别给合作双方各执一份，给备案或见证单位（如工商部门、律师事务所等，具体取决于合作性质和当地要求）各留存一份，剩余一份可由双方协商确定保管方或作为备用。以下是对这一问题的详细分析：
合作双方各执一份：
- 这是合作协议最基本的分配方式。合作双方作为协议的签订主体，各自保留一份协议原件，以便在需要时查阅、核对或作为履行协议的依据。
给备案或见证单位各留存一份：
- 根据合作协议的性质和当地法律法规的要求，某些合作协议可能需要向工商部门、税务部门或其他相关政府部门进行备案。在这种情况下，将一份协议原件提交给备案单位是必要的。
- 如果合作协议在签订过程中有律师事务所、公证处等第三方机构进行见证或提供法律服务，那么给这些机构留存一份协议原件也是合理的，以便它们在未来需要时能够查阅或提供证明。
剩余一份的保管：
- 在分配完上述三份协议后，如果还有剩余的一份，可以由双方协商确定其保管方。例如，可以将其存放在双方的共同办公地点、由一方保管并承诺在需要时提供给另一方查阅，或者作为备用协议以应对可能出现的丢失或损坏情况。
额外建议：
- 在分配合作协议时，应确保每份协议的内容完全一致，包括所有附件和补充协议。
- 双方应在每份协议上签字或盖章，以确认其认可协议的内容并愿意履行协议义务。
- 如果合作协议涉及重要的商业秘密或敏感信息，双方应考虑在协议中加入保密条款，并妥善保管协议原件以防止信息泄露。
可能涉及的法律后果：
- 如果合作协议未按照约定进行分配或保管，可能导致在需要时无法提供有效的协议原件作为证据，从而影响双方的权益。
- 如果合作协议的内容存在争议或不明确之处，而双方又无法提供有效的协议原件进行核对，可能导致法律纠纷或诉讼风险增加。
因此，在签订合作协议时，双方应认真考虑协议的分配和保管问题，并遵循相关法律法规和行业惯例进行操作。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。