法院是会认定格式条款合同的，但认定时会对其效力进行审查。以下从几个方面为你详细解释：

格式条款合同的认定

格式条款合同，是指当事人一方预先拟定合同条款，对方只能表示全部同意或者不同意的合同。亦即一方当事人要么整体上接受合同的条件，要么不订立合同。在商业活动中，格式条款合同非常普遍，比如我们常见的保险合同、电信服务合同等。法院在审理案件时，如果合同中存在一方预先拟定且未与对方协商的条款，通常会认定这些条款为格式条款，从而认定整个合同为格式条款合同。

格式条款合同的效力审查

虽然法院会认定格式条款合同，但并不意味着格式条款合同中的所有条款都当然有效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法院会对格式条款合同的效力进行审查，主要关注以下几点：

1. 是否遵循公平原则：

   • 格式条款的提供方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务。如果格式条款明显加重对方责任、排除对方主要权利或者免除自身主要义务，法院可能会认定该条款无效。

2. 是否尽到提示和说明义务：

   • 格式条款的提供方在订立合同时，应当采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款，并按照对方的要求，对该条款予以说明。如果提供方未尽到提示和说明义务，对方可以主张该条款不成为合同的内容。

3. 是否存在法定无效情形：

   • 如果格式条款存在《中华人民共和国民法典》规定的无效情形，如违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗等，法院会直接认定该条款无效。

实际案例中的法院认定

在实际案例中，法院会根据上述原则对格式条款合同的效力进行审查。例如，在某保险合同纠纷中，保险公司提供的格式条款中包含了免除自身责任的条款，但保险公司未对该条款进行明确提示和说明。法院在审理时认为，该条款加重了投保人的责任，且保险公司未尽到提示和说明义务，因此认定该条款无效。

建议

1. 对于格式条款的提供方：

   • 在拟定格式条款时，应当遵循公平原则，合理确定双方的权利和义务。
   • 在订立合同时，应当采取合理的方式提示对方注意与对方有重大利害关系的条款，并按照对方的要求进行说明。

2. 对于格式条款的接受方：

   • 在签订合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是与自身有重大利害关系的条款。
   • 如果发现格式条款存在不公平、不合理或者未尽到提示和说明义务的情况，可以及时提出异议或者拒绝签订合同。

如果你在合同纠纷中遇到了格式条款相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。