农村包山种树入股的退出方式需根据入股时的协议约定、公司章程规定以及相关法律法规综合判断，具体可分为以下几种情况：

1. 有书面协议且明确退出条款
   若入股时签订了书面协议（如合作协议、股东协议等），且协议中明确约定了退出机制（如退出条件、退出程序、股权回购价格等），则应优先按照协议约定执行。例如，协议可能约定“合作满5年后，股东可要求其他方按原价回购其股权”，或“退出时按公司净资产评估值计算股权价值”。此时，退出方需按协议履行通知义务，并配合办理股权变更登记等手续。

2. 无书面协议或协议未约定退出条款
   若未签订书面协议，或协议未约定退出方式，则需依据《公司法》（若以公司形式合作）或《民法典》合同编（若以合伙形式合作）的相关规定处理：

   • 公司形式：根据《公司法》第71条，股东之间可以相互转让其股权；股东向股东以外的人转让股权，需经其他股东过半数同意，且其他股东享有优先购买权。若其他股东不同意转让也不购买，则视为同意转让。
     
   • 合伙形式：根据《民法典》第976条，合伙人对合伙期限没有约定或者约定不明确，合伙人可以随时解除不定期合伙合同，但应当在合理期限之前通知其他合伙人。若因退出导致合伙目的无法实现，合伙可解散。
     

3. 涉及集体土地或林地使用权
   若包山种树涉及农村集体土地或林地承包经营权入股，还需注意《农村土地承包法》的相关规定：

   • 承包方之间为发展农业经济，可以自愿联合将土地承包经营权入股从事农业合作生产，但退出时需确保不违反土地用途管制（如不得改变林地用途），且需经发包方（村集体）同意或符合合同约定。
     
   • 若入股协议涉及林地承包经营权流转，退出时可能需办理流转备案或登记变更手续。

4. 退出时的争议解决
   若各方对退出方式、股权价值评估等存在争议，可通过以下途径解决：

   • 协商：优先通过友好协商确定退出方案，降低时间成本。
     
   • 调解：申请村委会、乡镇司法所或人民调解委员会介入调解。
     
   • 诉讼/仲裁：若协商、调解无果，可向法院提起诉讼或依据协议约定申请仲裁，由司法机关裁决股权价值及退出方式。

建议行动步骤：

1. 查阅入股时的书面协议，确认是否有退出条款；
   
2. 若无协议或条款不明确，收集合作期间的财务记录、资产清单等证据，评估股权价值；
   
3. 与其他股东/合伙人协商，形成书面退出方案；
   
4. 办理股权变更登记或合伙协议变更手续，确保退出合法有效。
   

若有具体协议内容或合作细节需要进一步分析，可直接向我提供更多信息，我会结合实际情况为您制定更详细的退出方案。