国企单位一般不会因为配偶坐牢而扣发员工的年终奖。以下从几个方面为你详细分析：

法律层面

年终奖属于工资福利的一部分，其发放通常受到劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的约束。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，这包括基本工资、奖金、津贴和补贴等。除非劳动合同或公司规章制度中有明确规定，否则用人单位不得随意扣发员工的年终奖。

公司规章制度层面

国企单位通常会有完善的规章制度，这些制度会明确年终奖的发放条件、标准和程序。如果规章制度中没有将员工配偶坐牢作为扣发年终奖的情形，那么单位就没有依据进行扣发。当然，如果规章制度中有相关规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位在遵循合法程序的前提下，可以依据规章制度进行扣发。但这种情况较为少见，且需要严格的程序合法性审查。

实际操作层面

在实际操作中，国企单位通常会遵循公平、公正、公开的原则来发放年终奖。配偶坐牢属于员工的个人家庭情况，与员工的工作表现、业绩等通常没有直接关联。因此，单位一般不会因为员工的个人家庭情况而扣发其年终奖。当然，如果员工因为配偶坐牢等个人原因导致工作表现不佳、业绩下滑等，单位可能会根据实际情况对年终奖进行相应调整，但这与直接扣发年终奖是不同的概念。

特殊情况说明

如果国企单位确实因为某些特殊原因（如单位经济效益下滑、政策调整等）需要调整年终奖的发放，那么应当遵循合法、合理、公平的原则，并与员工进行充分沟通协商。在这种情况下，扣发年终奖也应当是基于单位整体情况或员工个人工作表现等合理因素，而不是基于员工的个人家庭情况。

建议：如果你所在的国企单位因为配偶坐牢而扣发了你的年终奖，你可以先查阅劳动合同和公司规章制度中关于年终奖发放的相关规定。如果认为单位的做法没有依据或违反了相关规定，你可以与单位进行沟通协商，要求单位说明扣发年终奖的具体原因和依据。如果沟通无果，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。