结论：公司发生司法纠纷时，合同补签而实际经营在前的情况，其合法性并非绝对，而是取决于多种因素，包括合同内容、双方真实意思表示、是否违反法律法规的强制性规定等。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同效力角度：

   • 一般原则：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同补签，如果双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该合同是有效的。
   • 特殊情况：如果合同补签的内容涉及虚假表示、隐藏行为、恶意串通损害他人权益等情形，或者违反了法律、行政法规的强制性规定（如未经批准不得经营的项目），那么该合同可能被认定为无效或可撤销。

2. 实际经营与合同签订时间差的影响：

   • 时间差合法性：实际经营在前，合同补签在后，这一时间差本身并不直接导致合同无效。关键在于合同补签时，双方是否对之前的经营行为进行了真实、准确的反映，并且没有损害国家、集体或第三人的利益。
   • 证据保留：为了证明合同补签的合法性，公司应保留好实际经营的相关证据，如交易记录、发票、往来邮件等，以便在发生纠纷时能够证明双方的实际交易情况和合同补签的合理性。

3. 司法纠纷中的应对策略：

   • 积极举证：在司法纠纷中，公司应积极举证证明合同补签的合法性，包括提供实际经营的相关证据、合同补签的背景和原因等。
   • 寻求专业帮助：由于合同纠纷可能涉及复杂的法律问题和证据认定，公司应寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身权益。

4. 法律建议：

   • 完善合同管理：为了避免类似的法律风险，公司应加强合同管理，确保合同的签订、履行和变更都符合法律法规的规定，并及时办理相关审批手续。
   • 加强风险防控：公司应建立健全风险防控机制，对可能出现的法律风险进行及时识别和评估，并采取相应的措施进行防范和应对。

举例说明：假设一家公司在未签订合同的情况下就开始了实际经营，后来为了规范管理或应对审计等需要，双方补签了合同。如果补签的合同内容真实反映了之前的经营情况，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该合同是有效的。但是，如果补签的合同中存在虚假陈述或损害他人权益的条款，那么该合同可能面临被认定为无效或可撤销的风险。

进一步思考：公司在实际经营过程中，应时刻注意合同的重要性，尽量避免先经营后补签合同的情况。如果确实需要补签合同，应确保合同内容真实、准确，并符合法律法规的规定。同时，公司还应加强合同管理和风险防控，以降低法律风险并保障自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。