结论：社长私自把别人的基本农田登记在自己户头的行为是违法的，这涉及到非法侵占他人土地权益的问题。
法律背景与解释：
土地所有权与使用权：
- 根据我国相关法律，土地的所有权和使用权是受到严格保护的。基本农田作为农民的重要生产资料，其使用权更是受到法律的特别保护。
- 社长作为集体经济组织的一员，并没有权力私自将他人的基本农田登记在自己名下。这种行为侵犯了原土地使用者的合法权益。
非法侵占土地的法律后果：
- 非法侵占土地是违法行为，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 如果情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。例如，可能涉及非法占用农用地罪等。
土地登记与权属确认：
- 土地登记是确认土地权属的重要法律程序。任何土地权属的变更都需要经过合法的登记程序。
- 社长私自将他人土地登记在自己名下，不仅违反了土地管理法律，也违反了土地登记的相关规定。
法律建议：
保护自身权益：
- 如果您是原土地使用者，发现社长有私自登记您土地的行为，应立即向当地土地管理部门或相关部门举报，并保留好相关证据，如土地使用证、土地承包合同等。
寻求法律援助：
- 在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权途径。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
关注土地政策变化：
- 土地政策可能会随着时间和形势的变化而调整。因此，建议您关注当地土地政策的最新动态，以便及时了解自己的权益和义务。
可能面临的法律后果与应对：
- 如果社长已经私自将您的基本农田登记在自己名下，您有权要求相关部门撤销该登记，并恢复您的土地使用权。
- 如果社长拒绝配合或相关部门未能及时处理，您可以通过法律途径提起诉讼，要求社长承担侵权责任，并赔偿您的损失。
总之，社长私自把别人的基本农田登记在自己户头的行为是违法的，您有权保护自己的土地权益不受侵犯。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。