针对您作为房产中介遇到员工私下讨论中介费、不让店里直接收取的问题，这确实是一个需要重视并妥善处理的内部管理问题，同时也涉及到一定的法律风险。以下是我从法律和管理两个角度给出的分析和建议：
法律角度
合同与规章制度：
- 首先，您需要检查公司内部的规章制度以及员工与公司的劳动合同，确认是否有明确规定中介费的收取方式和归属。如果合同或规章制度中有明确条款禁止员工私下收取中介费，那么员工的行为就构成了违约，公司有权依据合同或规章制度进行处理。
- 若合同或规章制度中未明确规定，建议您尽快修订和完善相关条款，明确中介费的收取流程、归属以及违规行为的处理措施，以确保公司权益不受损害。
法律责任与风险：
- 员工私下收取中介费可能构成职务侵占或挪用资金等违法行为，如果数额较大，还可能涉及刑事犯罪。这不仅会给公司带来经济损失，还会影响公司的声誉和形象。
- 作为公司，您有责任对员工的行为进行监督和管理，防止类似事件的发生。如果发现员工有违规行为，应及时采取措施予以制止，并视情况追究其法律责任。
管理角度
加强培训与教育：
- 定期组织员工进行法律法规和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。让员工明白私下收取中介费的严重性和后果，增强他们的合规意识。
- 通过案例分析等方式，让员工了解公司对于违规行为的处理态度和措施，形成有效的威慑力。
完善内部监督机制：
- 建立健全的内部监督机制，如设立专门的监督部门或岗位，对员工的行为进行日常监督和检查。
- 鼓励员工之间相互监督，对于举报违规行为的员工给予一定的奖励和保护，形成良好的内部监督氛围。
优化中介费收取流程：
- 简化并优化中介费的收取流程，确保客户能够直接、便捷地将中介费支付给公司。例如，可以提供多种支付方式供客户选择，如线上支付、银行转账等。
- 在与客户签订合同时，明确中介费的金额、支付方式和支付时间等条款，避免产生纠纷和误解。
及时处理违规行为：
- 一旦发现员工有私下收取中介费的行为，应立即进行调查核实，并根据调查结果采取相应的处理措施。如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 对于情节严重的违规行为，应及时向公安机关报案，依法追究员工的法律责任。
作为房产中介，您需要从法律和管理两个角度出发，加强内部管理、完善规章制度、加强培训与教育、优化中介费收取流程以及及时处理违规行为等措施来应对员工私下讨论中介费、不让店里直接收取的问题。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。