结论：即使股东后续还款，虚开发票环节中已完成的资金回流事实仍然成立，但还款行为可能影响法律定性及量刑情节。 以下从法律认定、资金回流本质、还款行为影响三个角度展开分析：

1. 资金回流的法律认定不因后续还款而消除

资金回流是虚开发票犯罪中的典型特征，指通过虚构交易将资金从受票方转回开票方或关联方，形成“资金闭环”，以掩盖无真实交易的事实。根据《刑法》第二百零五条及司法实践，资金回流是认定虚开发票罪的关键证据之一，其核心在于证明交易虚假性，而非资金最终状态。
即使股东后续将资金归还，虚开发票环节中已完成的资金回流路径（如通过个人账户、空壳公司等转移资金）仍会作为犯罪证据被固定，还款行为无法抹去此前资金异常流动的事实。

2. 还款行为可能影响法律定性及量刑情节

虽然资金回流事实成立，但股东还款行为可能对案件处理产生以下影响：

• 主观恶性减轻：若还款行为发生在税务机关立案前或侦查阶段，可能被认定为“主动消除危害后果”，反映行为人悔罪态度，从而在量刑时作为从轻情节考虑（如《刑法》第六十七条关于自首或立功的规定）。
  
• 犯罪形态变化：若资金回流后未实际造成国家税款损失（如虚开发票未被抵扣），且还款及时，可能被认定为犯罪未遂或中止，但需结合具体案情判断（如是否已完成发票开具、交付等关键行为）。
  
• 民事赔偿与行政责任：还款行为可能减少税务机关追缴税款、滞纳金及罚款的金额，但不影响刑事责任的追究。

3. 实务中需重点审查的证据链

司法机关在认定虚开发票罪时，会综合审查以下证据：

• 资金流向：包括银行流水、第三方支付记录等，证明资金从受票方回流至开票方或关联方；
  
• 交易真实性：如合同、物流单据、业务往来记录等，证明是否存在真实交易；
  
• 主观故意：通过聊天记录、邮件、证人证言等，证明行为人明知无真实交易仍虚开发票。
  还款行为仅能作为补充证据，用于证明行为人后续态度，但无法推翻前期资金回流与虚开发票的关联性。

建议

若涉及此类案件，建议从以下角度准备辩护或应对：

1. 固定还款证据：保留转账记录、还款协议等，证明还款时间、金额及方式；
   
2. 强调交易部分真实性：若存在部分真实交易，可主张虚开发票金额与实际交易金额的差异，争取降低犯罪数额认定；
   
3. 争取从轻情节：如自首、立功、认罪认罚等，结合还款行为争取量刑优惠。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情及应对策略。