核心结论：逾期后扣款规则需结合合同约定与银行/贷款机构操作惯例综合判断，通常存在两种情形：

1. 合同约定优先：按约定时间扣款
   若贷款合同中明确约定“逾期后仅在固定扣款日划扣”（如每月5日），则即使借款人提前存入资金，机构也不会立即扣款，而是按合同约定时间操作。此类条款常见于银行消费贷、信用卡分期等标准化产品，目的是统一管理资金划转流程。
   法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力，双方应按约定履行义务。

2. 操作惯例补充：部分机构实时扣款
   若合同未明确约定扣款时间，或约定“逾期后随时扣款”，则机构可能在借款人存入资金后实时划扣（尤其常见于网贷平台、小额贷款公司）。此类操作依赖系统自动监测账户余额，一旦资金入账即触发扣款，以降低坏账风险。
   实践提示：部分机构会通过短信、APP推送等方式提前告知扣款规则，借款人可主动查询合同条款或联系客服确认。

延伸建议：

• 主动沟通：若希望提前还款或避免逾期，建议直接联系贷款机构确认扣款规则，避免因信息差导致信用受损。
  
• 保留证据：若机构未按合同约定扣款导致逾期，可保存合同、存款记录、沟通记录等证据，后续可通过协商或诉讼主张权益。
  
• 资金规划：逾期后建议保持账户余额充足，避免因扣款失败再次产生逾期费用或影响征信。
  

如有具体合同条款或操作细节需要分析，可进一步提供信息，我将结合实务经验为您详细解读。