结论：法院查封被执行人价值一百万元的房产以执行其五万元的担保债务，在法律上是可行的，但具体是否会实际查封并拍卖，需考虑多种因素。

分析说明：

1. 查封的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中有权查封、扣押、冻结被执行人的财产，以确保判决或裁定的履行。这里的财产包括房产、车辆、存款等。
   • 因此，从法律程序上讲，法院查封被执行人价值一百万元的房产以执行其五万元的担保债务，并不违反法律规定。

2. 查封与拍卖的考量因素：

   • 执行效率与成本：虽然法院有权查封房产，但在实际操作中，法院会考虑执行效率与成本。对于价值远高于债务额的房产，法院可能会权衡是否直接查封并拍卖，或者采取其他更经济的执行措施，如限制被执行人处分房产、要求被执行人提供其他担保等。
   • 被执行人其他财产情况：如果被执行人还有其他可供执行的财产，且这些财产足以覆盖债务额，法院可能会优先执行这些财产，以减少对被执行人生活的影响。
   • 被执行人生活必需：如果被查封的房产是被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，法院在查封、拍卖时会更加谨慎，可能会考虑保留被执行人及其家属的基本居住条件。

3. 实际执行中的灵活性：

   • 在实际执行过程中，法院通常会根据具体情况灵活处理。例如，如果被执行人能够与申请执行人达成和解协议，分期偿还债务，法院可能会暂停或撤销查封措施。
   • 另外，如果被执行人认为查封措施不当或存在其他合法理由，可以向法院提出执行异议，请求法院撤销或变更查封措施。

法律建议：

• 对于申请执行人：如果认为被执行人有可供执行的财产（如房产），可以向法院申请查封并拍卖。但需注意，拍卖所得价款在扣除执行费用后，会按照法定顺序分配给各债权人。
• 对于被执行人：如果面临房产被查封的风险，应积极与申请执行人协商解决方案，如提供其他担保、分期偿还债务等。同时，也可以向法院提出执行异议，维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您是申请执行人，且认为被执行人的房产是可供执行的有效财产，建议向法院提交详细的执行申请，并提供相关证据材料。
• 如果您是被执行人，且认为查封措施不当或存在其他合法理由，建议及时向法院提出执行异议，并准备相关证据材料支持自己的主张。

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