骑摩托车闯红灯被扣12分后，需按以下步骤处理：

1. 接受处罚并缴纳罚款
   根据《道路交通安全法》及实施条例，闯红灯属于严重交通违法行为，通常会被处以200元罚款并记12分。您需在收到处罚决定书后15日内到指定银行或通过交管12123APP缴纳罚款，逾期可能产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。

2. 参加满分教育学习
   记满12分后，驾驶证将被暂扣，您需在15日内到驾驶证核发地或违法行为发生地车管所报名参加7天道路交通安全法律、法规和相关知识学习（满分教育）。学习内容包括交通法规、事故案例分析等，每日需完成4学时，可通过现场或线上方式完成。

3. 通过科目一考试
   完成学习后，需在20日内参加车管所组织的科目一考试（理论考试）。考试内容涵盖交通信号、安全行车、违法行为处罚等基础知识，满分100分，90分及以上合格。若考试不合格，可申请补考，但需重新缴纳考试费用。

4. 清分并取回驾驶证
   考试合格后，车管所会清除记分并返还驾驶证，您可恢复正常驾驶资格。若未在规定时间内参加学习或考试，驾驶证可能被停止使用，继续驾驶将按“无证驾驶”处罚（罚款200-2000元，可并处15日以下拘留）。

特殊情况说明：

• A/B类驾驶证：若您持有的是A1、A2、A3、B1、B2类驾驶证，记满12分后除上述流程外，还需办理降级手续（如A2降为B1B2），需在30日内到车管所申请换证。
  
• 实习期驾驶证：若在实习期内记满12分，驾驶证将直接注销，需重新报名考取驾驶证。
  

建议：

• 及时处理违章，避免滞纳金或驾驶证停用；
  
• 学习期间可重点复习交通信号、让行规则等易错知识点；
  
• 日常驾驶中严格遵守信号灯，12分扣完后若再次违法可能面临更严厉处罚。
  

如有其他疑问，可直接向我咨询具体流程或细节。