店铺使用权年限到期后，主要处理方式取决于使用权性质及合同约定，具体如下：

1. 若使用权基于租赁合同

   • 合同续签：根据《民法典》第七百三十四条，租赁期限届满，承租人继续使用租赁物，出租人未提出异议的，原租赁合同继续有效，但转为不定期租赁。此时双方可协商续签书面合同，明确新租赁期限及条款。
     
   • 合同终止与腾退：若出租人拒绝续签或要求收回店铺，承租人需按合同约定腾退房屋。若逾期未腾退，出租人有权要求赔偿占用费（通常参照原租金标准）。
     
   • 优先续租权：若租赁合同中约定了承租人在同等条件下的优先续租权，承租人可在出租人对外出租时主张该权利，但需在合理期限内书面通知出租人。

2. 若使用权基于物权法上的“用益物权”（如土地经营权）

   • 自动续期或重新约定：根据《民法典》第三百五十九条，住宅建设用地使用权期限届满自动续期；非住宅建设用地使用权期限届满后，需依照法律规定办理续期手续（如缴纳土地出让金）。若店铺所在土地为非住宅用地，需关注当地政策及土地出让合同约定。
     
   • 物权消灭与补偿：若因公共利益需要收回土地（如拆迁），使用权人可依据《民法典》第二百四十三条要求补偿，包括土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿费等。

3. 若使用权基于行政许可（如特许经营）

   • 许可续期申请：根据《行政许可法》第五十条，被许可人需在有效期届满三十日前向作出行政许可决定的行政机关提出申请，行政机关将根据申请材料及实际情况决定是否准予续期。
     
   • 许可终止与清算：若行政机关拒绝续期，被许可人需停止经营并办理注销手续，同时需处理与员工、供应商等第三方的债权债务关系。

建议行动步骤：

1. 核查合同/权证：明确使用权性质（租赁、物权、行政许可）及到期时间；
   
2. 提前沟通：到期前3-6个月与权利人（出租人、政府等）协商续期或补偿方案；
   
3. 留存证据：保存合同、缴费凭证、沟通记录等，以备争议时使用；
   
4. 法律风险评估：若协商无果，可委托律师分析诉讼或仲裁可行性，制定应对策略。
   

特殊情形提示：若店铺涉及“住改非”（住宅改商用），需额外关注《民法典》第二百七十九条关于业主同意及登记备案的要求，避免因程序瑕疵导致使用权丧失。如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我咨询。