结论：叔叔建房指标由本村侄子出资代建，权属登记在侄子名下，这一行为是否合法合规，需结合具体情况分析，主要涉及宅基地使用权归属、建房审批手续以及双方协议约定等关键因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、宅基地使用权归属角度
宅基地使用权原则：
- 宅基地使用权是农村村民基于其集体经济组织成员身份而享有的福利性权利，具有身份属性，通常只能在本集体经济组织成员之间流转。
- 若叔叔作为本村村民，拥有合法的宅基地使用权，且该使用权未因任何原因（如转让、赠与、继承等）发生变更，则叔叔仍享有该宅基地的使用权。
侄子出资代建与权属登记：
- 侄子作为本村村民，若其本身已拥有宅基地使用权，或符合申请宅基地的条件，且叔叔同意将宅基地使用权转让或赠与侄子（需符合法定程序），则侄子出资代建并登记在自己名下，在程序上可能合法。
- 若侄子并非宅基地使用权的合法受让人，或叔叔未明确表示放弃宅基地使用权，而侄子仅因出资代建就取得宅基地使用权并登记在自己名下，则可能涉及违法违规，如侵犯叔叔的宅基地使用权、违反宅基地流转规定等。
二、建房审批手续角度
建房审批流程：
- 在农村建房，通常需要经过申请、审批、规划、施工等多个环节，其中审批环节是关键，需确保建房符合土地利用总体规划、村庄规划等要求。
- 叔叔作为宅基地使用权人，若其同意侄子代建，应共同向相关部门申请建房审批，并按照审批要求进行建设。
未审批或违规审批的后果：
- 若未经过合法审批程序就擅自建房，可能面临被责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚。
- 若审批过程中存在违规行为（如虚假申报、贿赂等），还可能涉及刑事责任。
三、双方协议约定角度
协议的重要性：
- 叔叔与侄子之间应签订书面协议，明确双方的权利义务，包括出资方式、建房标准、权属归属、使用期限等。
- 协议应符合法律法规的规定，不得侵犯第三人的合法权益，也不得违反公序良俗。
协议无效或可撤销的情形：
- 若协议存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，导致协议无效或可撤销，则可能引发法律纠纷。
- 若协议内容违反法律法规的强制性规定（如宅基地流转规定、建房审批规定等），也可能导致协议无效。
四、综合建议
核查宅基地使用权归属：
- 叔叔与侄子应共同核查宅基地使用权的归属情况，确保侄子取得宅基地使用权合法合规。
完善建房审批手续：
- 按照当地建房审批流程，共同向相关部门申请建房审批，并确保审批过程合法合规。
签订书面协议：
- 签订书面协议，明确双方的权利义务，避免未来发生纠纷。
咨询专业意见：
- 在涉及宅基地流转、建房审批等复杂法律问题时，建议咨询专业律师或相关部门，以确保行为合法合规。
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