结论概述：根据新闻背景，证监会此次修改、废止部分证券期货规范性文件的程序符合法规要求。其依据《证券期货规章制定程序规定》等法规对文件进行清理，修改和废止均有明确理由且符合现行法律规定。以下从修改与废止的法定程序、具体修改内容、废止文件理由的合法性三个维度展开分析：

一、修改与废止的法定程序符合要求

1. 程序依据明确
   证监会此次清理文件的依据为《证券期货规章制定程序规定》，该规定明确要求对规范性文件进行定期评估与动态调整。根据程序，修改或废止文件需经过清理启动、合法性审查、公开征求意见（如涉及重大利益调整）、集体决策、公布实施等环节。新闻中未提及程序瑕疵，且文件自公布之日起施行，符合“及时生效”的行政效率原则。

2. 修改与废止的区分处理

   • 修改文件：仅对《关于完善上市公司退市后监管工作的指导意见》中与新《公司法》冲突的条款（如“股东大会”改为“股东会”）进行技术性调整，未涉及实质性权利义务变更，程序相对简化。
     
   • 废止文件：对《境内企业申请到香港创业板上市审批与监管指引》等2部文件直接废止，因其依据的上位法（如《境内企业境外发行证券和上市管理试行办法》）已变更，废止属于法律清理的必然结果，程序合法。

二、具体修改内容的合法性分析

1. 退市公司监管规则的适应性修改

   • 修改内容：将“股东大会”改为“股东会”，并新增“退市公司可设审计委员会替代监事会”的条款。
     
   • 合法性依据：新《公司法》已允许公司选择单层制治理结构（即不设监事会，由审计委员会行使职权），此次修改仅是对上位法的细化落实，未突破法律框架。
     
   • 行业影响：简化退市公司治理结构，降低合规成本，符合“简化监管、激发市场活力”的改革方向。

2. 废止文件的理由充分性

   • 《监管指引》废止：因境内企业赴港上市已从审批制改为备案制，原指引的审批流程与现行法律冲突，废止是法律衔接的必然要求。
     
   • 《指导意见》废止：其关于“商品期货与金融期货经纪业务区分管理”的要求与《期货和衍生品法》中“统一期货经纪业务”的规定矛盾，且分级管理必要性降低，废止符合立法统一性原则。

三、对公众与行业的启示

1. 对投资者的提示
   证监会清理文件反映监管规则的动态优化，投资者需关注规则变化对投资标的（如退市公司、期货公司）的影响，避免因信息滞后产生风险。

2. 对企业的合规建议

   • 退市公司：应根据新规调整治理结构，如选择审计委员会替代监事会，需同步修改公司章程并履行备案程序。
     
   • 期货公司：无需再区分商品与金融期货经纪业务的技术标准，但需确保整体信息技术管理符合《期货和衍生品法》要求。

3. 对监管机构的借鉴
   此次清理体现了“法随时转”的监管思路，未来其他领域（如数据安全、跨境融资）的规则调整亦可参考此模式，通过定期评估确保法规与市场实践同步。

总结：证监会此次文件修改与废止程序合法、内容合理，既解决了上位法冲突问题，又优化了监管效率。若您涉及相关业务（如退市公司治理、期货公司合规），可进一步向我咨询具体操作细节。