结论：投标人在投标有效期内撤销投标文件，招标人同意并退还保证金的行为是否合法，需根据具体情况判断。若在投标截止时间前撤销，招标人退还保证金合法；若在投标截止时间后撤销，招标人通常可以不退还保证金，但若招标人同意退还，则该行为也合法。
详细分析：
投标截止时间前撤销投标文件：
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十五条，投标人撤回已提交的投标文件，应当在投标截止时间前书面通知招标人。招标人已收取投标保证金的，应当自收到投标人书面撤回通知之日起5日内退还。
- 分析：在此情况下，投标人有权在投标截止时间前自由决定是否参与投标，并可以书面通知招标人撤回已提交的投标文件。招标人收到通知后，应在规定时间内退还投标保证金。因此，若投标人在投标截止时间前撤销投标文件，招标人同意并退还保证金的行为是合法的。
投标截止时间后撤销投标文件：
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十五条，投标截止后投标人撤销投标文件的，招标人可以不退还投标保证金。
- 分析：一旦到达投标截止时间，投标文件开始对投标人产生法律约束力。此时，若投标人需要取消其投标，应称为“撤销”投标文件。在此情况下，招标人可以视自身情况扣留或者退还保证金，以维护招标活动的严肃性和公正性。这是招标人的权利，旨在防止投标人随意撤销投标对招标活动造成不良影响。然而，若招标人出于某种原因（如与投标人协商一致、招标项目取消等）同意退还保证金，则该行为也是合法的，因为法律并未禁止招标人在特定情况下退还保证金。
建议与注意事项：
- 投标人：在决定撤回或撤销投标文件时，应充分考虑时间因素，并仔细了解相关法律法规和招标文件的具体规定。特别是在投标截止时间前后，投标人的行为将直接影响其能否退回投标保证金。为避免不必要的经济损失，投标人应在做出决定前咨询专业法律人士或仔细阅读招标文件中的相关条款。
- 招标人：在处理投标人撤回或撤销投标文件的情况时，应严格按照相关法律法规和招标文件的规定操作。若决定退还保证金，应确保退还过程合法、合规，并保留好相关证据以备查证。
特殊情况说明：
- 若因不可抗力等不能预见、不能避免且不能克服的客观情况导致投标人在投标截止后不得不撤销投标文件，并提供有效证明，与招标人进行协商后，部分或全部退还投标保证金存在一定的可能性。具体退还比例取决于双方的协商结果和具体项目的规定。
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