若采矿权存在纠纷时申请注销，需分情况处理，核心结论如下：

1. 纠纷未解决前原则上不得注销
   根据《矿产资源开采登记管理办法》第十六条及《行政许可法》第六十九条，采矿权注销需以“权利终止且无争议”为前提。若存在以下纠纷情形，自然资源主管部门通常不予办理注销：

   • 权属争议（如与其他主体对矿区范围存在争议）；
     
   • 合同纠纷（如与合作伙伴的采矿权转让、合作开发合同纠纷）；
     
   • 行政处罚未履行（如未缴纳资源税、罚款或未完成矿山生态修复义务）；
     
   • 诉讼或仲裁未结案（如因侵权、违约等引发的法律程序未终结）。
     操作建议：需先通过协商、调解、诉讼或仲裁解决纠纷，取得生效法律文书（如判决书、调解书、仲裁裁决）或行政机关处理决定后，方可申请注销。

2. 特殊情形下的注销路径

   • 法院裁定注销：若纠纷进入执行程序，法院可依申请或依职权裁定注销采矿权（如《民事诉讼法》第二百五十八条关于执行被执行人财产的规定）。此时需向法院提交注销申请书、采矿权许可证原件、纠纷相关证据等材料。
     
   • 行政强制注销：若采矿权人未履行法定义务（如逾期未年检、未缴纳费用），行政机关可依职权注销，但需履行听证、公告等程序。若对注销决定不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
     
   • 破产程序中的注销：若企业进入破产程序，管理人可持法院裁定书、破产公告等材料申请注销采矿权，但需优先清偿债务并处理职工安置、生态修复等问题。

3. 注销后的法律后果

   • 采矿权注销后，原权利人丧失对矿区的开采资格，但若纠纷涉及赔偿或债务，仍需承担民事责任（如对合作方的违约赔偿、对国家的资源补偿费缴纳义务）。
     
   • 若注销后发现存在隐瞒纠纷或虚假申报，行政机关可撤销注销决定，并追究相关责任人法律责任（如《行政许可法》第七十九条）。

实务提示：

• 申请注销前，务必通过企业信用信息公示系统、中国裁判文书网等渠道核查是否存在未了结纠纷；
  
• 若纠纷涉及第三方，建议同步向自然资源主管部门提交《纠纷解决承诺书》，明确注销后纠纷处理责任主体；
  
• 注销后仍需保留采矿权许可证、缴费凭证等材料至少5年，以备后续审计或纠纷复议。
  

如有具体纠纷类型或注销材料准备问题，可进一步向我说明细节，我会结合案例为您分析操作要点。