在电动自行车承担次要责任的情况下，其确实需要按照责任比例对机动车的损失进行赔偿。以下是对这一问题的详细解析：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 交警部门会根据事故现场情况、双方行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，出具交通事故责任认定书，明确电动自行车和机动车各自的责任比例。
- 在电动自行车承担次要责任的情况下，意味着其过错行为对事故的发生起到了一定作用，但程度相对较轻。
赔偿原则：
- 按照各自过错的比例分担责任，即电动自行车方应承担小部分赔偿责任，机动车方承担大部分赔偿责任。
- 赔偿范围包括人身损害赔偿（如医疗费、误工费、护理费、交通费等，若事故中机动车方有人员受伤）和财产损失赔偿（如车辆维修费、物品损失等）。
二、赔偿流程
协商处理：
- 事故发生后，双方应首先尝试通过友好协商解决赔偿事宜。
- 可以就赔偿金额、支付方式等达成一致意见，并签订书面协议。
保险理赔：
- 如果机动车购买了交强险和商业险，应及时向保险公司报案。
- 保险公司会根据保险合同的约定进行理赔，先在交强险限额内赔偿，不足部分再根据商业险合同进行赔偿。
- 电动自行车若购买了保险（如部分地区的电动自行车保险），也需及时报案并配合理赔流程。若未购买保险，则电动自行车方需自行承担相应赔偿责任。
法律途径：
- 如果协商不成或保险公司拒赔，受损方（包括机动车方）可以向人民法院提起诉讼。
- 法院将根据事故责任认定书、医疗记录、财产损失评估报告等证据材料，判决双方按照责任比例承担赔偿责任。
三、具体赔偿项目与计算方式（以机动车财产损失为例）
假设机动车因事故产生的车辆维修费为X元，根据责任认定书，电动自行车承担次要责任，责任比例为30%（具体比例根据实际情况确定，此处仅为示例），则电动自行车方需赔偿的金额为：
\(赔偿金额 = X \times 30\%\)
例如，若车辆维修费为10000元，电动自行车方需赔偿3000元。
四、注意事项
地区差异：
- 具体的赔偿标准和比例可能因地区、案件具体情况以及相关法律法规的变化而有所不同。因此，在处理赔偿问题时，需结合当地的具体规定和司法实践。
证据收集：
- 无论通过协商、保险理赔还是法律途径解决赔偿问题，都需要充分收集和保存相关证据，如事故现场照片、医疗记录、维修发票等，以支持自己的主张。
及时处理：
- 事故发生后，应及时报警、通知保险公司并处理赔偿事宜，避免因拖延而导致证据灭失或赔偿难度增加。
总结来说，电动自行车在承担次要责任的情况下，确实需要按照责任比例对机动车的损失进行赔偿。赔偿流程包括协商处理、保险理赔和法律途径等，具体赔偿项目和计算方式需结合实际情况和当地规定确定。在处理赔偿问题时，建议双方保持冷静、理性沟通，并充分收集和保存相关证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。