关于您提出的“出资备案证明只更新了章程是否有效”的问题，这主要取决于具体的备案要求和规定。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，出资备案通常涉及到公司章程的修改，因为公司章程是规定公司组织及活动基本规则的重要文件，其中包含了股东的出资方式、出资额、出资时间等关键信息。当股东的出资情况发生变化时，公司章程也需要相应地进行修改，以反映最新的出资状况。
针对您的问题，如果出资备案仅更新了公司章程，并且该章程已经得到了公司法定代表人的签署确认，同时满足了相关法律法规和备案机关的要求，那么这种更新通常是有效的。具体来说，这通常包括以下几个方面：
章程内容的合法性：修改后的公司章程必须符合《中华人民共和国公司法》以及其他相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
签署确认的合规性：修改后的公司章程需要由公司法定代表人签署确认，以确保其真实性和合法性。在某些情况下，可能还需要股东会或股东大会的决议作为支撑。
备案机关的认可：您需要将修改后的公司章程或章程修正案提交给相关的备案机关（如市场监督管理局）进行备案。备案机关会对提交的材料进行审核，如果审核通过，则会出具相应的备案证明。
其他必要材料的提交：除了修改后的公司章程或章程修正案外，您可能还需要提交其他相关材料，如关于修改公司章程的决议、决定等，以证明修改的合法性和合规性。
然而，也需要注意以下几点：
如果备案机关有特别要求，比如需要同时提交其他相关文件或证明，那么仅更新章程可能不足以满足备案要求。
在某些情况下，如果出资变更涉及到重大事项（如股权转让、增资扩股等），可能还需要进行更复杂的法律程序和审批。
建议：
在进行出资备案前，最好先咨询当地的备案机关或专业律师，了解具体的备案要求和流程。
确保修改后的公司章程或章程修正案内容合法、合规，并得到了必要的签署确认。
按照备案机关的要求准备并提交所有必要的材料，以确保备案的顺利进行。
综上所述，出资备案证明只更新了章程在符合相关法律法规和备案机关要求的情况下是有效的。但为了确保备案的顺利进行和避免潜在的法律风险，建议您在操作前咨询专业人士并仔细了解相关要求。