针对设施农用地上存在永久性建筑的补救办法，需结合土地管理法规及地方政策综合判断，以下是具体分析：

1. 区分建筑性质与用途
   若永久性建筑属于农业配套设施（如管理用房、仓储设施等），且符合《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》中“不破坏耕地耕作层、不硬化地面、不建永久性层高超过2米的建筑”等要求，可通过补办设施农用地备案手续完善合规性。需准备材料包括：土地权属证明、农业项目立项文件、建筑用途说明、土地复垦方案等，向县级自然资源部门申请备案。

2. 建筑超出合规范围的处理
   若建筑违反设施农用地规定（如硬化地面、层高超标、改变农业用途等），需分情况处理：

   • 拆除整改：若建筑严重违反土地规划（如占用永久基本农田），需限期拆除并恢复土地原状，否则可能面临行政处罚（如罚款、强制拆除）。
     
   • 补办建设用地手续：若建筑符合土地利用总体规划，但未依法办理农用地转用审批，可尝试通过协议出让或集体经营性建设用地入市方式补办手续，但需缴纳土地出让金及相关税费，且程序复杂、成本较高。
     
   • 临时用地许可：若建筑为短期农业项目所需（如临时晾晒场），可申请临时用地许可，期限一般不超过2年，到期后需拆除并复垦。

3. 历史遗留问题的特殊处理
   若建筑形成于设施农用地政策出台前（如2019年《通知》发布前），且未破坏耕地或改变农业用途，部分地区允许通过“历史遗留问题处理”程序补办手续，但需满足以下条件：

   • 建筑存在时间较长（通常5年以上）；
     
   • 未引发土地纠纷或生态破坏；
     
   • 承诺未来不再扩建或改变用途。
     具体流程需咨询当地自然资源部门，通常需提交情况说明、村民代表大会决议等材料。

4. 法律风险防范建议

   • 立即停止违规行为：若建筑仍在建设或使用中，应立即停止，避免扩大损失。
     
   • 委托专业机构评估：通过土地测绘、规划合规性审查等方式，明确建筑是否符合补救条件。
     
   • 与政府部门沟通：主动向乡镇政府或自然资源部门汇报情况，争取通过整改而非处罚方式解决问题。
     

提示：设施农用地政策具有较强地域性，各地执行细则可能不同，建议根据建筑所在省份的具体规定（如《XX省设施农业用地管理办法》）进一步核实操作路径。若有具体案例或文件需要分析，可直接向我提供详细信息，我将结合法律条文与实务经验为您制定补救方案。