结论：在村集体1999年分配宅基地后，您于2003年在该宅基地上盖房的行为，在多数情况下是合法的，但具体还需考虑宅基地分配的合规性、是否符合当地规划以及是否履行了相关审批手续等因素。
分析说明：
宅基地分配的合规性：
- 首先，需要确认1999年村集体分配宅基地的行为是否合法。这通常涉及到宅基地分配的程序是否符合当时的相关法律法规，以及是否经过了相关部门的批准。如果分配程序合法，且您作为村民符合分配宅基地的条件，那么这一分配行为就是有效的。
建房时间与宅基地分配的关系：
- 宅基地分配后，您作为宅基地的使用权人，有权在该宅基地上建造房屋。从时间线上看，1999年分配宅基地，2003年建房，时间间隔并不长，且没有违反宅基地分配后应尽快使用的原则（如果有相关原则的话）。因此，从时间因素上考虑，建房行为并不违法。
是否符合当地规划：
- 建房行为还需要符合当地的土地利用总体规划和村庄规划。如果您的建房行为符合这些规划要求，那么就是合法的。反之，如果违反了规划要求，可能会面临被拆除或其他法律后果。
是否履行了相关审批手续：
- 在宅基地上建房，通常需要履行一定的审批手续，如申请建房许可证等。如果您在2003年建房时已经履行了这些审批手续，并且获得了相关部门的批准，那么您的建房行为就是合法的。如果没有履行审批手续或未获得批准，那么您的建房行为可能构成违法建设。
特殊场景：
- 如果宅基地分配存在瑕疵，如分配程序不合法、未经过相关部门批准等，那么即使您在2003年建房，也可能因为宅基地分配本身的问题而面临法律风险。
- 如果当地有特殊的宅基地使用规定或建房限制，如宅基地面积限制、建房高度限制等，您也需要确保自己的建房行为符合这些规定或限制。
行动建议：
- 如果您对宅基地分配的合规性、是否符合当地规划以及是否履行了相关审批手续等方面存在疑问，建议您向当地土地管理部门或规划部门咨询，以获取更准确的法律意见。
- 如果您已经确认自己的建房行为合法，但担心未来可能出现的法律风险，您可以考虑咨询专业律师，了解如何维护自己的合法权益。
后续思考依据：
- 在处理类似问题时，除了考虑上述因素外，还需要关注当地法律法规的最新动态和政策变化，以确保自己的行为始终符合法律要求。
- 如果您在宅基地使用或建房过程中遇到任何法律问题或纠纷，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。