结论：非法侵占退款后检察院认定无罪，已退的款项在一般情况下应当返还给原所有人，但具体是否返还还需考虑款项的性质、退款的原因以及是否存在其他法律关系等因素。
分析说明：
款项性质与退款原因：
- 如果退款是因为非法侵占行为被纠正，且款项原本就属于被害人所有，那么在检察院认定无罪后，该款项理应返还给被害人。这是因为非法侵占行为本身就不具有合法性，退款是对非法行为的纠正，款项的返还符合法律原则和公平正义。
- 如果退款是因为其他原因，如双方协商退款、误解退款等，且款项并非完全属于被害人所有（例如，可能包含部分合法收益或赠与等），那么返还问题就需要根据具体情况进行判断。在这种情况下，可能需要考虑退款协议的内容、双方当事人的意愿以及是否存在其他法律关系等因素。
检察院认定无罪的影响：
- 检察院认定无罪意味着在刑事法律层面上，被指控的非法侵占行为不成立。但这并不直接影响民事法律关系中款项的返还问题。民事法律关系的处理主要依据民法等相关法律法规，与刑事法律关系的认定相对独立。
- 然而，如果检察院的无罪认定是基于对事实或法律的重新认定，且这种认定对民事法律关系中的款项返还产生实质性影响（例如，认定原所有人并非款项的真正所有者），那么返还问题就需要根据新的认定进行调整。
其他法律关系的考虑：
- 在处理款项返还问题时，还需要考虑是否存在其他法律关系，如合同关系、赠与关系等。这些法律关系可能对款项的归属和返还产生重要影响。
- 例如，如果双方之间存在有效的合同关系，且合同中明确规定了款项的支付和返还条件，那么就需要按照合同约定来处理款项返还问题。
法律建议：
- 如果您是款项的原所有人，且认为退款应当返还给您，建议您先与退款方进行协商，明确款项的性质和退款的原因，并尝试达成返还协议。
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议。在提起诉讼前，建议您收集相关证据，如退款凭证、款项来源证明、双方沟通记录等，以支持您的主张。
- 在处理此类问题时，建议您咨询专业律师的意见，以便更好地了解您的权利和义务，以及可能面临的法律风险和后果。
后续行动与可能结果：
- 如果您决定通过法律途径解决争议，您需要向法院提起诉讼，并提交相关证据和法律依据。法院将根据事实和法律进行审理，并作出判决。
- 如果法院判决退款应当返还给您，但退款方拒不履行判决，您可以向法院申请强制执行。法院将采取相应措施强制退款方履行判决义务。
- 在整个过程中，您需要保持与律师的密切沟通，及时了解案件进展情况，并根据律师的建议调整诉讼策略。