当军车驾驶员闯红灯发生交通事故时，处理流程虽然因其特殊性质而略有不同，但总体上仍需遵循依法依规的原则。以下是一份详细且深入的处理指南：
一、确保安全与现场保护
立即停车并确保安全：事故发生后，首要任务是确保所有人员的安全。应立即停车，开启危险报警闪光灯，并在来车方向安全距离处设置警告标志，如三角警示牌，以预防二次事故的发生。
保护现场与证据收集：尽可能保持事故现场的原状，不要随意移动车辆或相关物品。使用手机或其他设备对事故现场进行全面拍照或录像，记录车辆位置、碰撞部位、刹车痕迹、交通信号灯状态及周围环境等关键信息。这些证据对于后续的责任认定至关重要。
记录关键信息：记下军车的车牌号、车型、司机姓名、联系方式及其所属单位等信息。同时，寻找并记录目击者的联系方式，他们的证词可能对事故认定提供重要帮助。
二、及时报警与通知军队
拨打紧急电话：若有人受伤，应迅速拨打120急救电话。随后，立即拨打122交通事故报警电话，向交警详细说明事故发生的时间、地点、大致情况及是否涉及人员伤亡。
通知军队相关部门：由于事故涉及军车，需同时通知军队相关的交通事故处理机构或军事交通管理部门，以便他们按照军队内部规定参与处理。警方在接到报警后，通常也会通知军方相关部门。
三、配合调查与责任认定
如实陈述：交警和军队相关部门到达现场后，应积极配合调查，如实陈述事故发生的经过，不得隐瞒或提供虚假信息。
责任划分：交警部门将依据《道路交通安全法》等相关法律法规，结合现场勘查、当事人陈述、证人证言及监控录像等证据，对事故责任进行认定。在认定过程中，会充分考虑军车的特殊性，如是否在执行军事任务、是否遵守交通法规等因素。军车在地方道路发生交通事故时，通常也适用地方交通法规进行责任划分。
四、后续处理与赔偿协商
保险理赔：
赔偿协商与调解：在赔偿问题上，双方应首先尝试通过协商解决。若协商不成，可请求交警部门或相关调解机构介入调解。在调解过程中，应提出合理的赔偿要求，并保持理性和客观的态度。
法律诉讼：若经过协商和调解仍无法解决赔偿纠纷，当事人有权向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在此过程中，应准备好充分的证据材料，如事故现场照片、视频、证人证言、交通事故责任认定书等，以维护自己的合法权益。
五、特殊注意事项
尊重军队规定：在处理与军车的交通事故时，应尊重军队的相关规定和程序，特别是涉及军事机密或军事任务的情况。避免与军队人员发生冲突和矛盾，通过合法、合理的途径解决争议。
保持冷静理智：在处理事故过程中，务必保持冷静和理智。不要因情绪激动而做出过激行为或言论，以免加剧矛盾或影响事故处理结果。
综上所述，当军车驾驶员闯红灯发生交通事故时，应按照上述步骤进行合理合法的处理。同时，也要注意保护自己的合法权益，确保得到公正合理的赔偿和处理结果。