核心结论：不同村土地互换本身不合法，但别村土地经农村农业局确权后，情况变得复杂，需分情况讨论并采取相应措施。

情况分析及建议：

1. 确权程序存在瑕疵或违法：

   • 分析：如果农村农业局的确权程序存在瑕疵，如未依法进行公告、未听取利害关系人意见、未进行实地勘查等，或者确权行为本身违反了相关法律法规（如超越职权、滥用职权等），那么该确权行为可能被视为违法或无效。
   • 建议：你可以向农村农业局提出书面异议，要求其重新审查确权程序，并撤销或更正错误的确权决定。如果农村农业局不予理会或拒绝更正，你可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

2. 确权程序合法，但互换行为仍需处理：

   • 分析：即使农村农业局的确权程序合法，且土地已经确权给别村，这并不意味着不同村之间的土地互换行为就变得合法。互换行为本身如果违反了土地管理法、农村土地承包法等相关法律法规的规定，仍然需要承担相应的法律责任。
   • 建议：
     • 协商解决：首先，你可以尝试与别村进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案，如恢复原状、补偿损失等。
     • 寻求政府帮助：如果协商无果，你可以向当地政府或相关部门（如乡镇政府、土地管理部门等）反映情况，寻求他们的帮助和调解。
     • 法律途径：如果政府调解也无果，你可以考虑通过法律途径来解决争议。这可能包括提起民事诉讼（如要求确认互换行为无效、要求返还土地等）或行政诉讼（如要求撤销确权决定等）。

3. 考虑历史遗留问题和实际情况：

   • 分析：在处理此类问题时，还需要考虑历史遗留问题和实际情况。如果互换行为已经持续多年，且双方都已经形成了稳定的土地使用关系，那么完全恢复原状可能并不现实也不合理。
   • 建议：在这种情况下，你可以与别村协商，寻求一个既符合法律法规又兼顾双方利益的解决方案。例如，可以通过签订土地流转合同等方式来明确双方的权利和义务，确保土地使用的合法性和稳定性。

行动建议：

• 收集证据：在处理此类问题时，收集相关证据至关重要。这包括互换协议（如果有的话）、土地使用证明、确权决定书、相关法律法规等。
• 咨询专业人士：由于土地问题涉及复杂的法律法规和政策规定，因此建议你咨询具有相关经验的律师或土地管理专家，以获取更专业、更具体的建议和指导。
• 保持冷静和理性：在处理土地争议时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击等不利于问题解决的方式。