核心结论：若开发商与镇政府签订的安置房协议被认定不合法、无效，但安置户已实际占有房屋，安置户的权益保障及后续处理需分情况讨论，具体如下：

1. 协议无效的法定后果与安置户占有行为的性质
   根据《民法典》第157条，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿。若协议因违反法律强制性规定（如未取得规划许可、未履行招拍挂程序等）被认定无效，开发商原则上可要求安置户返还房屋。但安置户的占有行为若基于对政府公信力的信赖（如镇政府主导的拆迁安置项目），可能构成“善意占有”，此时开发商需通过协商或诉讼解决，而非直接强制清退。

2. 安置户权益的保障路径

   • 行政救济：若协议无效系因开发商未履行法定程序（如未取得施工许可、未通过竣工验收），安置户可向镇政府或上级行政部门投诉，要求政府协调开发商完善手续或提供替代房源。
     
   • 民事诉讼：安置户可起诉开发商，主张因协议无效导致的损失赔偿（如装修费用、过渡期租金等），或要求确认其对房屋的“事实占有权”并主张优先安置权（需结合地方政策）。
     
   • 政府责任：若镇政府在协议签订中存在过错（如越权审批、未尽审查义务），安置户可依据《国家赔偿法》要求政府承担连带赔偿责任。

3. 开发商可能采取的措施及应对

   • 协商解决：开发商可能通过补偿安置户（如支付额外过渡费、提供其他房源）换取房屋返还，以避免诉讼成本。
     
   • 诉讼清退：若协商无果，开发商可能以“返还原物纠纷”为由起诉安置户，此时安置户需举证证明其占有合法性（如政府承诺、长期居住事实等）。
     
   • 行政干预：开发商可能要求镇政府出面协调，但政府无权直接强制安置户搬离，需通过法律程序解决。

4. 实务建议

   • 安置户：立即收集证据（如协议文本、政府文件、付款凭证、占有证明等），咨询律师评估协议无效的具体原因及自身权益，优先通过协商或行政途径解决，避免被动应诉。
     
   • 开发商：若协议确因自身过错无效，应主动与安置户协商补偿方案，降低诉讼风险；若认为协议有效，需通过法律程序确认效力后再主张权利。
     

提示：安置房协议无效的认定需以法院或仲裁机构生效裁判为准，未经司法确认前，双方仍需履行协议义务。若您面临此类纠纷，可直接向我提供协议文本及具体事实，我将进一步分析法律风险及解决方案。