核心结论：钱被司法冻结后，即使双方签订了具有法律效力的退款协议，该协议本身并不能直接解除司法冻结，但可作为申请解冻或协商处理的重要依据，具体需结合冻结原因和协议内容采取相应措施。以下是具体分析：

1. 司法冻结的效力优先于普通民事协议

• 司法冻结是法院、检察院或公安机关基于案件需要（如保全、执行等）对财产采取的强制措施，具有法律强制力。即使双方签订了退款协议，只要冻结措施未被解除，资金仍无法自由支配。
• 退款协议属于民事合同，仅对双方有约束力，但无法对抗司法机关的强制措施。例如，若冻结因债权人申请保全，需通过法院解除冻结，而非仅凭协议。

2. 退款协议可作为申请解冻的依据

• 协商解冻：若冻结方（如法院、债权人）同意，可凭退款协议申请解除冻结。例如，双方达成和解，债权人同意撤诉或解除保全，法院可能依申请解冻。
• 执行阶段处理：若冻结已进入执行阶段，被执行人可与申请人协商，通过退款协议履行义务（如分期还款），申请人同意后，法院可中止或解除冻结。
• 关键点：需确保协议内容明确、合法，且能证明履行后冻结目的已实现（如债务清偿）。

3. 需根据冻结原因采取不同策略

• 因诉讼保全冻结：需通过诉讼程序解决，如提供担保、反诉保全错误，或与对方达成和解后申请解冻。
• 因执行冻结：需履行生效法律文书确定的义务（如还款），或与申请人协商达成执行和解。
• 因刑事案件冻结：需配合侦查，若与案件无关，可向公安机关申请解冻；若涉及赃款，需通过退赔程序处理。

4. 风险提示与建议

• 协议履行风险：若协议未履行，对方可能以“未实际退款”为由拒绝解冻，甚至申请强制执行。
• 证据保留：保存协议原件、履行凭证（如转账记录）、沟通记录等，以备后续维权。
• 专业协助：若冻结涉及复杂法律关系（如多笔债务、刑事交叉），建议委托律师分析冻结合法性、协议效力，并制定解冻方案。

行动建议：

1. 立即联系冻结机关（如法院执行局），说明退款协议情况，询问解冻流程；
   
2. 与对方沟通，确认其是否同意配合解冻，并留存书面证据；
   
3. 若协商无果，尽快委托律师介入，通过法律程序推动解冻。
   

如有进一步细节（如冻结原因、协议内容），可提供更多信息以便针对性分析。