医疗罚款处罚是否会留案底，需分情况讨论：

1. 行政处罚层面
   若医疗机构或个人因违反《基本医疗卫生与健康促进法》《医疗机构管理条例》等法规，被卫生健康行政部门处以罚款（如未取得执业许可擅自执业、超范围诊疗等），此类行政处罚信息会记录在行政机关的执法档案中，但不属于刑事犯罪记录，通常不会向社会公开查询，也不影响个人征信或日常社会活动（如就业、贷款等）。不过，若涉及严重违法行为（如非法行医导致重大事故），行政处罚记录可能作为后续刑事追责的参考依据。

2. 刑事处罚层面
   若医疗行为触犯《刑法》（如非法行医罪、医疗事故罪等），被法院判处刑罚（包括罚金），则会留下刑事案底。刑事案底会永久保存，且可能对个人职业选择（如无法从事医生、护士等职业）、子女政审等产生长期影响。例如，非法行医被判处有期徒刑后，即使缴纳罚金，刑事记录仍会存在。

3. 特殊情形：信用惩戒
   根据《国务院关于建立完善守信联合激励和失信联合惩戒制度加快推进社会诚信建设的指导意见》，若医疗机构因严重违法被列入“失信黑名单”（如多次违规被罚、拒不履行处罚决定等），其信息可能被共享至信用平台，影响机构评级、政府采购等，但这不等同于案底，仅属于行政性信用约束。

建议：

• 若仅涉及行政罚款，无需过度担忧“案底”问题，但需及时整改避免重复违法；
  
• 若涉及刑事调查，务必委托律师介入，争取从轻或免于刑事处罚；
  
• 可通过当地卫生健康行政部门或法院官网查询具体处罚记录（行政处罚一般公开，刑事记录需司法程序查询）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。