结论：女儿对以儿子名字登记营业执照但经营所得建造的自建房，在符合法定条件的情况下，是享有继承权的。不过，具体能否继承以及继承的份额等，会受到自建房产权归属、是否存在有效遗嘱等多种因素的影响。
分析如下：
自建房的产权归属是关键：
- 如果自建房是使用家庭共有财产建造，且能够证明女儿也对该房产有出资或贡献，那么女儿作为共有人之一，自然享有相应的产权份额，也就有权继承自己应得的份额。
- 如果自建房主要是使用儿子的个人经营所得建造，且产权登记在儿子名下，那么从法律上讲，该房产属于儿子的个人财产。但即便如此，女儿作为法定继承人之一，在儿子去世后，仍然有权继承该房产的一部分（具体份额需根据法定继承顺序和继承人数量等因素确定）。
遗嘱的影响：
- 如果儿子在生前立下了有效遗嘱，明确指定了自建房的继承人，那么女儿能否继承以及继承的份额将受到遗嘱内容的限制。如果遗嘱中未将女儿列为继承人，或者限制了女儿的继承份额，那么女儿可能无法继承或只能继承较少的份额。
法定继承的顺序和份额：
- 在没有有效遗嘱的情况下，自建房将按照法定继承的顺序和份额进行分配。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，第一顺序继承人包括配偶、子女、父母。因此，女儿作为子女之一，有权与其他第一顺序继承人共同继承自建房。具体份额将根据继承人数量、是否尽到主要赡养义务等因素确定。
法律建议：
- 如果女儿希望确保自己对自建房的继承权，可以尝试与儿子协商，明确房产的产权归属和继承意愿，并可以考虑签订书面协议或立下遗嘱。
- 在儿子去世后，女儿应及时了解房产的产权状况、是否存在有效遗嘱等信息，并咨询专业律师以维护自己的合法权益。
- 如果发生继承纠纷，女儿可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在此过程中，保留好相关证据（如房产证明、出资证明、遗嘱等）至关重要。
可能后果：
- 如果女儿能够证明自己对自建房有出资或贡献，或者儿子在遗嘱中明确指定了女儿为继承人，那么女儿将能够继承相应的房产份额。
- 如果女儿无法证明自己对自建房的贡献，且儿子未留下有效遗嘱或遗嘱中未将女儿列为继承人，那么女儿可能只能按照法定继承的顺序和份额继承较少的房产份额，甚至可能无法继承。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。