结论前置：在还没拿到房款的情况下，中介要求拿走证件一般是不合法的，除非双方有特别约定且该约定不违反法律法规强制性规定。
详细分析：
从合同约定角度分析：
- 在房屋买卖过程中，买卖双方及中介通常会签订一份房屋买卖合同或居间合同。这份合同是各方权利义务的依据。
- 如果合同中明确约定了在某个阶段（如房款未付清前）证件的保管方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么各方应按照合同约定执行。但通常情况下，合同中不会约定在房款未付清前中介可以拿走证件，因为这不符合常规的交易习惯和风险控制原则。
- 建议：您应仔细审查房屋买卖合同或居间合同中的相关条款，特别是关于证件保管和房款支付的约定。如果合同中没有相关约定或约定不明确，您有权拒绝中介拿走证件的要求。
从法律法规角度分析：
- 根据相关法律法规，房屋买卖过程中，证件（如房产证、身份证等）是重要的法律文件，其保管应遵循安全、谨慎的原则。
- 中介作为居间方，其职责是促成交易、提供信息和服务，而非保管证件。除非得到买卖双方的明确授权，否则中介无权拿走证件。
- 建议：如果中介坚持要求拿走证件，您可以要求其提供明确的法律依据或合同条款支持其要求。如果无法提供，您有权拒绝并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。
从风险控制角度分析：
- 在房款未付清的情况下，将证件交给中介可能存在较大的风险。例如，中介可能利用证件进行非法活动或泄露您的个人信息。
- 此外，如果中介在保管证件过程中丢失或损坏证件，您可能需要承担相应的损失和责任。
- 建议：为了保障自身权益和安全，您应坚持在房款付清前自行保管证件或委托其他可信的第三方保管。如果必须交给中介保管，应要求其提供相应的担保或保险措施。
特殊情况说明：
- 如果双方在合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时您也同意该约定，那么在这种情况下中介拿走证件可能是合法的。但这种情况较为少见且需要您谨慎考虑。
后续行动建议：
- 如果您对中介的要求有疑问或担忧，建议及时与中介沟通并明确表达您的立场和诉求。
- 如果沟通无果或中介存在违法行为，您可以向当地房地产管理部门、消费者协会或相关法律机构投诉或寻求帮助。
- 在整个房屋买卖过程中，建议您保持警惕并妥善保管好所有重要证件和文件，以避免不必要的风险和损失。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。