确认双方存在劳动关系的案件，在大多数情况下并不需要单独进行仲裁，而是可以在后续的劳动争议仲裁中一并处理，但也有需要单独仲裁的特殊情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况：无需单独仲裁
在劳动争议中，确认劳动关系往往是解决其他劳动争议（如工资支付、经济补偿、社会保险等）的前提。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会负责处理包括确认劳动关系在内的多种劳动争议。因此，在大多数情况下，劳动者无需就确认劳动关系单独提起仲裁申请，而是可以在后续的劳动争议仲裁中，将确认劳动关系作为一项仲裁请求一并提出。
二、特殊情况：需要单独仲裁
尽管在大多数情况下无需单独仲裁确认劳动关系，但也存在一些特殊情况，可能需要劳动者单独就确认劳动关系提起仲裁申请：
用人单位否认劳动关系：当用人单位明确否认与劳动者之间存在劳动关系时，劳动者为了维护自己的合法权益，可能需要先通过仲裁确认双方存在劳动关系，再就其他劳动争议提起仲裁或诉讼。
涉及多重劳动关系：在某些情况下，劳动者可能同时与多个用人单位存在劳动关系，或者存在事实劳动关系与名义劳动关系不一致的情况。此时，为了明确各方的权利义务关系，劳动者可能需要单独就确认与某一用人单位的劳动关系提起仲裁。
其他特殊情形：如劳动者需要办理社会保险、享受工伤保险待遇等，而相关机构要求提供劳动关系证明时，劳动者也可能需要单独就确认劳动关系提起仲裁。
三、实际操作建议
收集证据：无论是否需要单独仲裁确认劳动关系，劳动者都应尽可能收集能够证明双方存在劳动关系的证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。
咨询专业律师：在面临劳动争议时，劳动者可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律途径和解决方案。律师可以根据具体情况为劳动者提供针对性的法律建议。
及时申请仲裁：如果劳动者决定就确认劳动关系或其他劳动争议提起仲裁申请，应及时向劳动争议仲裁委员会提交申请，并按照规定提交相关证据和材料。
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