耳膜穿孔伤情鉴定超过90天是否还有效，需根据鉴定类型及具体伤情来判断，以下分情况详细说明：
损伤程度鉴定
- 即时鉴定或在伤情稳定前鉴定：对于单纯性耳膜穿孔这类以原发性损伤为主要鉴定依据的情况，伤后即可进行鉴定，以确定是否构成轻微伤。此时，鉴定结果不受90天时间限制，只要伤情未发生显著变化，鉴定结果均有效。
- 在伤情稳定后进行鉴定：若耳膜穿孔引发并发症或影响听力等功能障碍，需在损伤90日后，待伤情稳定再进行鉴定。根据《人体损伤程度鉴定标准》，外伤性鼓膜穿孔若6周内不能自行愈合，则构成轻伤二级。因此，即使超过90天，只要伤情稳定且符合鉴定条件，鉴定结果仍然有效。特殊情况下，可根据原发性损伤及其并发症出具初步鉴定意见，但需对可能的后遗症加以说明，并适时复检补充鉴定。
伤残程度鉴定
- 伤残程度鉴定主要涉及民事赔偿问题，通常在治疗终结后进行。耳膜穿孔导致听力功能障碍等情况时，一般要求在受伤3-6个月后进行伤残鉴定。若超过90天但未达到治疗终结或伤情稳定状态，此时进行伤残鉴定可能不准确，但并不意味着鉴定无效。只是建议等待伤情稳定后再进行，以确保鉴定结果的准确性和有效性。若已超过合理等待期且伤情确实稳定，即使超过90天，也可进行伤残鉴定。
综合建议：
- 及时就医：发生耳膜穿孔后，应尽快前往正规医院进行诊断和治疗，以确保伤情得到妥善处理，并为后续鉴定提供准确依据。
- 关注鉴定时机：根据伤情选择合适的鉴定时机。对于损伤程度鉴定，若伤情稳定且符合鉴定条件，即使超过90天也可进行；对于伤残程度鉴定，建议等待伤情稳定后再进行，以确保鉴定结果的准确性。
- 全面收集证据：无论是损伤程度鉴定还是伤残程度鉴定，都需要全面收集相关医学资料、病史记录及实验室检查等证据材料，以便为鉴定提供充分依据。
法律后果提示：若因鉴定时机选择不当导致鉴定结果不准确或无效，可能影响后续法律程序的进行和赔偿结果的确定。因此，建议根据伤情和法律规定谨慎选择鉴定时机。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。