结论：在机动车交通信号灯已变绿，而非机动车交通信号灯还未变绿的情况下，机动车是否可以通行并是否可对此情况进行申诉，需分情况讨论。

分析：

1. 机动车通行规则：

   • 根据一般的交通规则，机动车在通过路口时，应当遵循交通信号灯的指示。当机动车交通信号灯变为绿色时，通常意味着机动车可以通行。
   • 然而，如果非机动车交通信号灯还未变绿，这可能意味着非机动车道上的车辆或行人尚未获得通行权。在这种情况下，机动车驾驶员需要特别小心，确保不会与非机动车或行人发生冲突。

2. 申诉的可能性：

   • 如果机动车因等待非机动车信号灯变绿而被误判违章：例如，机动车在绿灯时因避让非机动车或行人而未及时通行，但被交通监控设备误判为闯红灯或未按规定通行，那么机动车驾驶员有权对此进行申诉。
   • 申诉流程：通常，申诉需要提供相关证据，如行车记录仪视频、照片等，以证明机动车在绿灯时确实因避让非机动车或行人而未通行。然后，按照当地交通管理部门的申诉流程进行申诉。
   • 申诉结果：如果申诉成功，交通管理部门可能会撤销对机动车的违章处罚。

3. 特殊情况下的处理：

   • 路口设计或信号灯设置问题：如果路口的设计或信号灯的设置存在缺陷，导致机动车和非机动车的通行信号存在冲突或不明确，那么机动车驾驶员在遇到这种情况时应当特别谨慎。在这种情况下，如果机动车因遵循交通规则而受到处罚，也可以考虑进行申诉。
   • 交通警察的现场指挥：如果交通警察在现场指挥交通，并且其指挥与交通信号灯的指示不一致，那么机动车驾驶员应当遵循交通警察的指挥。在这种情况下，如果因遵循交通警察的指挥而受到处罚，同样可以进行申诉。

建议：

• 机动车驾驶员在通过路口时，应当仔细观察交通信号灯和周围交通情况，确保安全通行。
• 如果遇到机动车交通信号灯已变绿而非机动车交通信号灯还未变绿的情况，机动车驾驶员应当特别小心，避免与非机动车或行人发生冲突。
• 如果因遵循交通规则或交通警察的指挥而受到处罚，并且认为处罚不当，可以考虑进行申诉。在申诉时，提供相关证据以支持自己的主张。

后续行动：

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