非法占用国有土地种菜主要违反了《中华人民共和国土地管理法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
法律条款依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第二条：“中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。全民所有，即国家所有土地的所有权由国务院代表国家行使。任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。”
- 同时，该法第七十七条规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”虽然此条款直接针对的是非法占用土地进行建设的行为，但非法占用土地进行种菜等农业活动，同样属于非法占用土地的行为范畴，只是可能不涉及拆除建筑物等处罚措施，但仍会面临责令退还土地、罚款等处罚。
法律后果分析：
- 行政责任：非法占用国有土地种菜，首先会面临行政责任，即由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能处以罚款。罚款的数额会根据非法占用土地的面积、性质以及造成的后果等因素综合确定。
- 刑事责任：在极端情况下，如果非法占用土地的行为情节严重，如占用大量土地、造成土地严重破坏等，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。虽然这种情况在非法占用土地种菜的行为中较为罕见，但仍需引起注意。
特殊情况考虑：
- 如果非法占用的土地原本就是用于农业生产的，且占用者只是临时使用进行种菜，并未改变土地用途或造成土地破坏，那么在处理时可能会考虑从轻或减轻处罚。但这并不意味着非法占用土地种菜就是合法的，只是在实际执法中可能会根据具体情况进行灵活处理。
- 另外，如果占用者能够及时认识到自己的错误，主动退还非法占用的土地，并积极配合相关部门的调查和处理工作，那么也可能会在处罚上得到一定的宽大处理。
建议：为了避免非法占用国有土地种菜等违法行为的发生，建议公民在占用土地前务必了解土地的性质和用途，并依法办理相关手续。如果确实需要临时使用国有土地进行种菜等农业活动，应提前向相关部门申请并获得批准。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。